مؤسسها صاحب اسمها ووضع حجر الأساس فبراير 1966 الزعيم اسماعيل الازهري وأول من تقلد ادارتها المربي الفاضل محمد الأمين فرحات ومعه كوكبة من أميز الأساتذة وضعوا الأسس القوية لهذه المدرسة العريقة ومنهم الأستاذ جعفر سعد وكمال الدين حسن شمينا والكمالي هاشم الكمالي. وقد سارت المدرسة على نظام الداخليات لذا انكب عليها الطلاب من الأقاليم زمن التعليم الاتحادي. وقد عملت بهذه المدرسة معلماً حيث قدمت أوراقي للمربي الفاضل «ابن خالتي» الاستاذ حامد محمد أحمد الجعيلي من 1973-1976 ثم نقلت اليها رئيساً للشعبة 1987 وتدرجت من رئيس شعبة الى وكيل المدرسة 1989 ثم تدرجت إلى مدير المدرسة 1993-1996 ومن مديري المدرسة التي تشرفت بالعمل فيها وتحت ادارتهم المربي حامد محمد أحمد الجعيلي والأستاذ ونجت برسوم والأستاذ محمد الأمين فرحات ثم الأستاذ الفادني والأستاذ علي سعيد النشط والمدرك لأبعاد الإدارة والعمل التربوي ثم الأخ العزيز عثمان أبا يزيد الذي تسلمت منه ادارة مدرسة محمد حسين 1993 وقد تعلمت الكثير منهم في فن الادارة وتحمل المسؤولية والأمانة والإخلاص في العمل واحترام المواعيد. ومن الوكلاء الذين سعدت بالعمل تحت ادارتهم الأستاذ خليل عبد القادر والأستاذ مهدي مدثر وإبراهيم العقلي والأستاذ خالد الحسن صلاح والباقر سليمان. وضمت الشعب العملاقة من المعلمين في شعبة اللغة العربية والتربية الاسلامية مولانا الريح أبو الزين والمعلم الفنان جعفر سعد والمعز الدسوقي وعوض أحمد «صاحب برنامج مع المدارس» ومأمون أبو علوان ثم العلامة الكبير والمربي الجليل محمد عبد القادر كرف والشاعر والأديب محيي الدين فارس وبشرى خلف الله والدكتور أديب عثمان والعالم عبد القادر يوسف. وفي شعبة اللغة الانجليزية الأستاذ أبوبكر عثمان والنور عثمان أبكر «الشاعر والأديب الكاتب بالدوحة» وعصام الدين أبو القاسم الختام والدكتور الأديب إبراهيم اسحق. وفي شعبة الرياضيات الأساتذ عوض نقد وقباني ومحمد أحمد حميدة «وكيل وزارة التربية السابق» وسليمان إبراهيم «اصبح مديراً لمحمد حسين الثانوية 2005-2007» ثم الأستاذ الشاب مهاجر عبد الرحمن عمر. وفي شعبة الجغرافيا نجد الأستاذ محمد عباس وكمال الدين بشير وعوض الصاوي وعبد الرحمن حسن شعراوي والأستاذ عبد الرحمن أحمد «أصبح مديراً لمدرسة وادي سيدنا» أما سيدة الشعب «التاريخ» فقد ضمت الدكتور حيدر خوجلي وعمر أحمد مودي وعثمان الدرديري «الآن سفيرنا بتركيا» ثم محمود الماحي «الأخ الأصغر للعالم الدكتور التجاني الماحي» ثم أحمد أبو شيبة «موجه تاريخ-بحري». وفي شعبة العلوم نجد الأستاذ محمد أحمد العوض «ود العوض» وشمعون وصديق مناع ومحمود أبو زيد والدكتور عوض خليفة وعلي عبد الرحمن الشهير «علي كيمياء» وسيف الاسلام «كبير موجهي مادة الفيزياء محلية أم درمان». وفي شعبة التربية الفنية الأستاذ عبد الله خير الله ثم الأستاذ جمال عبد القادر «كبير موجهي الفنون بأم درمان» مع استاذ الموسيقى محمد آدم المنصوري: وفني المعمل خالد علي حسين «معمل كيمياء، فيزياء وأحياء». وامين المخزن منصور عبد الرحمن مع الصول الطيب الموج والعمال، يوسف الحلاوي وحسن حماد ولهم فضل نظافة المدرسة. ومن الذين تخرجوا من مدرسة محمد حسين الثانوية، نذكر منهم على سبيل المثال في مجال التعليم عبد الرحمن محمد عبد الرحمن مدير مدرسة بشير محمد سعيد الأسبق وكبير موجهي مادة الكيمياء بمحافظة أم درمان وعبد القوي فضل المولى أحمد موجه الأحياء بأم درمان وبدر الدين الشريف معلم الرياضيات بمدرسة بشير محمد سعيد والبلولة الناير البلولة «الدويم». وفي مجال الطب برز دكتور صديق بشارة اخصائي الباطنية وزكريا إبراهيم «جراحة مخ وأعصاب السلاح الطبي» وأسامة أحمد البشير «باطنية السعودية» ومحمد الأحدب باطنية السعودية وعماد العريفي اخصائى بالسعودية ثم العالم حسن السيوري اخصائي لندن وعبد الحي الخير عبد الحي باطنية «النو» ودكتور محمد السيد اخصائي القلب بمركز الخرطوم للقلب والدكتور صلاح بشرى ابراهيم «اخصائي اسنان» ورئيس الرابطة والذي يدعو للإحتفال بالعيد الذهبي لمدرسة محمد حسين الثانوية، ودكتور شداد محمد محمود اخصائي الجراحة سوبا، وإبراهيم أحمد ابراهيم اخصائي التحاليل «فضيل» وعبد المنعم إبراهيم «لندن» ومحمد صديق العوض ماليزيا، وفي مجال الهندسة يبرز المهندس صديق إسماعيل وعمر أحمد عثمان الكوارتي «الذي ربط الهندسة بالأعمال الخاصة» ومحمد أحمد يوسف مهندس طيران وصافي محمد أحمد «النسيج» وفرح صالح ووليد عثمان الجاك وياسر احمد كمبال. وفي مجال الصيدلة نجد الصيدلاني أحمد ماهر وأسامة النور وعادل عابدين الحاج ومأمون الياس وعوض السيد. وفي مجال البيطرة برز عادل محمد محمد الأمين وفي مجال القانون نجد القانوني الضليع حامد عوض حاج حامد «البحرين» ومحمود نصر الدين أحمد فضيل الخبير في القانوني الدولي وسعد شلقامي مستشار ديوان النائب العام وإبراهيم نجم الدين الماحي ومصعب عكاشة محكمة الثورة. وفي مجال الإدارة يبرز أمين بشير فلين وزير السياحة سابقاً ومحمد صديق المجتبى الشاعر والأديب ووزير الدولة للثقافة الأسبق واسماعيل مكي وزير مالية ولاية الخرطوم سابقاً ومحمد مصطفى قسم السيد المدير التنفيذي محافظة الخرطوم واللواء شرطة «م» والدكتور عادل عبد العزيز الفكي وزارة المالية الخرطوم. وحسن محمد إبراهيم «مدير تنفيذي» ومحمود إبراهيم مساعد سكرتير الامتحانات سابقاً والرشيد عبد الرحمن نائب مدير بنك المشرق «النيل الأزرق».وفي مجال الجيش نجد العميد «م» حيدر كومي «مظلات» وفي مجال البوليس نجد عميد شرطة «م» طارق أبو حراز ومحمد عثمان محمد أحمد ولواء شرطة «م» عيسى عبد الله ومن رجال الأعمال الوجيه محمد أحمد عثمان الكوارتي والحاج مبلول وقاسم الحاج وخالد عبد الله شلقامي.وفي مجال الصحافة برز حسام الدين محمود أبو العزائم «جريدة آخر لحظة» وهيثم محمد علي «ق اسبورت» والطاهر الطيب «قون». وفي مجال الفن نجد الفنان المثقف المبدع الأستاذ عز الدين عبد الماجد والفنان غاندي عازف آلة الفالتو البارع. وفي مجال كرة القدم نجد اللاعب القدير خالد عبد الرحمن «سيكا» لاعب الزهرة والمريخ وعطا ابو القاسم المبدع لاعب المريخ ووليد عبد الرجال حارس مرمى الخرطوم «2» وأنور كباشي لاعب الموردة الآن هلال كادوقلي وأحمد الباشا المريخ. يا فرسان مدرسة محمد حسين الثانوية اعيدوا لها سيرتها الأولى.