رغم غياب المكتبة الوطنية فقد كانت ومازالت تقوم مكتبة السودان بوظيفة المكتبة الوطنية والمتمثلة في حفظ التراث الوطني ، رغم أن السودان قد شهد قيام دار الوثائق القومية وتأسيسها في عام 1916م وشهد أيضاً قيام المتاحف الأثرية والطبيعية والتي توجت بقيام المتحف القومي وقيام وتأسيس مؤسسات وطنية مشابهة. ولكن لم يشهد قيام مكتبة وطنية تتولى حفظ الإنتاج الفكري السوداني. ومع ذلك فقد ورد في محاضر مؤتمر الخريجين لعام 1942م. الدعوة لقيام مكتبة للدراسات السودانية وخصص لها مبلغ من المال لإنشائها .. ولكن مع ذلك لم نشهد لها أثراً. وفي غياب المكتبة الوطنية تولت مكتبة السودان القيام بهذا الدور في حفظ الإنتاج الفكري السوداني في مجال المطبوعات والمؤلفات السودانية أو تلك التي كتبها أجانب عن السودان وإتاحتها للباحثين والراغبين من داخل وخارج الجامعة.. وقد وضعت الضوابط التي تنظم عملية الإطلاع وظلت مكتبة السودان تلعب هذا الدور الهام إلى يومنا هذا .. حتى بعد صدور قانون تأسيس المكتبة الوطنية (1999م). ورغم أن اللوائح قد حددت استخدام مكتبة السودان أن تصبح وقفاً على طلاب الدراسات العليا إلا أن العقود الأخيرة قد شهدت زيادة ملحوظة في إعداد أؤلئك الطلاب بالإضافة إلى الباحثين من خارج هذه الفئة مما شكل عبئاً ثقيلاً على المكتبة.. مما أدى إلى نقل المكتبة من مباني المكتبة الرئيسية إلى مبنى منفصل على شارع الجمهورية (مبنى ما يعرف سابقاً بداخلية بحر الغزال) وهو مكون من طابقين وذلك لاستغلاله في حفظ المجموعات المتمثلة في الكتب والدوريات والمطبوعات الحكومية والرسائل الجامعية ، بالإضافة إلى قاعة للمطالعة ومكاتب للعاملين. وقد انعكس الاستخدام لتلك المراجع من تعرض المجموعات للتلف وخاصة تلك المطبوعات والتي مضى على طباعتها أكثر من قرن، حيث أثرت عوامل الطبيعة على نوعية الورق ، مما عرض الكثير منها للتمزق والتكسر تحت أصابع الباحثين ! !. مجموعات السودان مجموعة المواد المكتبية التي تحتفظ بها مكتبة السودان والتي ورثتها بداية من مجموعات مكتب السكرتير الإداري لحكومة السودان ، ثم مواصلة المكتبة لبناء تلك المجموعات والحرص على تطويرها وإكمال الناقص منها وقد شملت المجموعات 1- المطبوعات الحكومية 2- الدوريات : الصحف المجلات 3- الكتب والكتيبات والنشرات 4- أوراق المؤتمرات 5- القصاصات الصحفية 6- الرسائل الجامعية 7- مصغرات فلمية 8- صور فوتوغرافية 9- نسخ مصورة 10- الخرائط .