اتهمت عدد من المنظمات العاملة في المجال الإنساني بدولة الجنوب قوات الجبهة الثورية المتمردة بارتكاب جرائم ضد الإنسانية، ملوحة برفع شكوى ضدها للجهات العدلية والمجتمع الدولي لاتخاذ إجراءات قانونية في مواجهتها. وكشف وليم بيتر مسؤول مكتب المعارضة بولاية أعالي النيل أنه عقد اجتماعاً مع عدد من مسؤولي المنظمات الداعمة لحقوق الإنسان بشأن الانتهاكات التي حدثت أثناء المعارك الأخيرة بملكال وواراب واللير، مشيراً إلى أن الحركات المسلحة تقوم بنهب ممتلكات المواطنين وقتل الأبرياء والعزل من الأطفال والنساء، مبيناً أن أعداداً كبيرة من قوات العدل والمساواة وقوات المتمرد مالك عقار شاركوا في انتهاكات حقوق الإنسان، منوهاً إلى أن الحكومة بالجنوب قامت بتقديم الدعم العسكري والعربات للحركات المسلحة بغرض مساندتها في القتال ضد المعارضة بولايات أعالي النيل.