اتهمت وزارة الصحة بولاية الخرطوم جهات لم تسمِّها باتخاذ المرضى دروعًا لخدمة أجندتها الخاصة، وعمدت لاتخاذ كل أساليب الممانعة لإثناء الوزارة عن المضي قدماً في تنفيذ الإصلاحات في مستشفى الخرطوم، لافتة إلى رصدها بدقة لأهداف تلك الجهات التي وصفتها بالحملة المنظمة، وقال مدير إدارة الطب العلاجي بالوزارة د. بابكر محمد علي إن دعاوى تفكيك وتشليع مستشفى الخرطوم هي محاولات يائسة للوقوف في وجه الإصلاح والتغيير الذي يصطدم مع المصالح الشخصية لهذه الفئة القليلة التي تسعى بشتى السبل للإبقاء على مصالحها، ونفى أي اتجاه لإغلاق المستشفى وإنما تأهيله ليكون مستشفى مرجعيًا يخدم مصلحة المرضى، وأشار بابكر في تصريحات أن الأرقام التي أوردها بيان الهيئة النقابية بالمستشفى لا علاقة لها بالواقع وتجافي الحقيقة فكيف يستقيم المنطق أن يكون عدد الذين دخلوا العنابر «148067» أكبر من عدد المترددين على الحوادث «22146» .