أقرت إدارة جامعة بحري بوجود عجز مالي ونقص من القاعات ومعينات المعامل والأثاثات، وبررت إدارة الجامعة ذلك بترحيل أصول الجامعات الجنوبية إلى الجنوب عقب إعلان انفصال الجنوب، في وقت كشفت فيه إدارة الجامعة عن وجود تماطل في تسليم ملفات الطلاب الشماليين الموجودة بإدارة الجامعات الجنوبية. وقال مدير جامعة بحري البروفيسور آدم أيوب أمس في المنبر الدوري الذي نظمه الاتحاد العام للطلاب السودانيين أن الحكومة لم تخصص ميزانية للجامعة حتى الآن، وناشد وزارة المالية التعاون مع الجامعة وتخصيص ميزانية لها. وتوقع ان تذهب 80% من ميزانية الجامعات الجنوبية بالشمال إلى الجامعة الوليدة وأعلن أيوب عن انطلاقة العام الدراسي في التاسع من أكتوبر من العام الحالي على أن يجلس الطلاب إلى امتحان البدائل والملاحق في جميع الكليات في 19 سبتمبر من نفس العام.