من أبرز مشكلات البيئة وأكثرها تعقيداً وأصعبها حلاً مشكلة تلوث التربة ومياه البحار والأنهار والبحيرات والمياه الجوفية، وينتج هذا التلوث من نفايات ومخلفات المصانع، وعن استعمال المواد الكيميائية مثل مبيدات الآفات والأسمدة الصناعية في الزراعة، كما ينتج عن نفايات مخلفات المنازل والمباني والمنشآت الأخرى، وتزداد مشكلة هذا التلوث بزيادة إنتاج المواد الكيميائية واستخدامها في الصناعة، حيث يؤدي التخلص من هذه المواد إلى تلوث التربة والماء، ويزداد حجم مشكلة التلوث من الصناعة حينما يكون هناك إهمال أو عدم اهتمام بالتخلص من مخلفات المصانع الكيميائية بالوسائل التي تحافظ على التربة والماء من التلوث. ومهما كان مصدر تلوث الهواء بالمصانع فإنه يسبب مشكلات بيئيه ولا يمكن تجاهلها بأى حال من الاحوال، اضافة الى التأثير في حالة الجو فإنه يؤثر تأثيراً بالغاً على صحة الانسان والحيوان والنبات، فالمصانع مثلاً تولد غازات سامة مثل أكسيد الكربون الذي له تأثير كبير جداً، وليس معنى هذا أن كل ما يفعله الإنسان خطأ، ولكنها أحد الآثار الجانبية والسلبية على مرور الوقت والزمن، فكثير من نشاطات الإنسان التي خدمت البشرية خاصة الصناعية أفادت الإنسان، وفى نفس الوقت كانت لها آثارها على المدى الطويل مثل نواتج الصناعات الثقيلة واستخدامات الطاقة ونواتجها واستخدام الطاقة الذرية وآثارها، والأسمدة والمبيدات الكيميائية وأضرارها على الرغم من عدم الاستغناء عنها، فملوثات البيئة متعددة وعلى أشكال مختلفة، ولكن لها صفات مشتركة لها تأثيرات ضارة شاملة، ولها صفة الاستمرار والانتشار طالما، ولها القدرة على التراكم الحيوي، وقد يكون لها تفاعل مع حلقات بيئية أخرى. وحول هذا الخصوص كشفت وزارة البيئة ومرافق المياه عن أن «98%» من المصانع لا توجد لديها دراسة للأثر البيئي بولاية الخرطوم، مشددة على ضرورة دراسة الأثر البيئي لأية منشأة. وقال مصدر مأذون بوزارة البيئة، فضل عدم كشف اسمه، إن ولاية الخرطوم تعاني من تدني السلوك الحضري للمواطنين، مما تسبب في تدهور البيئة، مرجعاً السبب لغياب دور المؤسسات الرسمية والشعبية في أن تساهم في ديمومة الاستثمار وتناغم المنتج مع البيئة، بجانب الحفاظ على البيئة حول المنشأة، لكنه عاد وقال إن هذا ما نفتقده في ولاية الخرطوم فى هذا الجانب، ولكنه قال إن القرار الذي صدر عن المجلس الاعلى للبيئة وترقية السلوك الحضرى بولاية الخرطوم أثلج صدور الكثير من المواطنين والمهتمين بهذا الجانب، وذلك بعد رصد «858» مصنعاً غير مطابقة من جملة «1.159» ألف مصنع تم تفتيشها بداخل محليات ولاية الخرطوم. وأضاف أن أغلبية المخالفات كانت في عدم استخدام أدوات السلامة للعاملين وتردي البيئة الداخلية والتهوية ووجود مخلفات صلبة وسائلة في بعض المصانع، والقرار ألزم المنشآت الصناعية بالموجهات اللازمة لتوفيق أوضاع المصانع المخالفة وتصحيحها، ومضى المصدر في القول الى أنه يجب تنفيذ هذا القرار باقصى سرعة لانقاذ ما يمكن انقاذه من التلوث بسبب مخلفات تلك المصانع وأضرارها البيئية، ليتم ردع التعدي الذي ظهر أخيراً بوضوح من القطاع السكنى على الاراضى الزراعية بالولاية، مما شكل تلوثاً وتعدياً على البيئة، محذراً من مغبة التعرض لمخاطر تلوث البيئة جراء مخلفات المصانع والغازات المنبعثة من إنتاج النفط. وشدد على ضرورة الالتزام بالقوانين وإنزالها إلى أرض الواقع بإلزام الشركات والمصانع القائمة والجديدة بالاهتمام بالبيئة، كما تنتج عن التلوث البيئي بسبب المحروقات التي تستعملها المصانع ومحطات الطاقة من فحم وبترول غازات سامة من أشدها خطوره غاز ثاني أكسيد الكبريت الذي يكون مع الماء في شك حامض وله ضرر على الصحة العامة. إلا أن الخطط المعدة والبرامج المنفذة في البلاد لدرء خطورة تردى البيئة وعلاجها لا ترقى لحجم المشكلة، بل ولا تتفق مع خطورتها وآثارها، ومن هنا يجب أن تتضافر الجهود من المنزل والمدرسة والمجتمع حتى تعم الفائدة مصلحة للجميع، ولا مانع من الاستفادة من الخبرات العالمية، فالمهم أن نأخذ خطورة التلوث البيئي على محمل الجد، وأن نشحذ الهمم لأهمية هذا الموضوع.
