محصول القطن يعتبر من محاصيل الصادر الرئيسة وتواجه زراعته الكثير من المعوقات مما ادى الى تدني إنتاجيته وتمثلت تلك المعوقات في عدم كفاية التمويل وشح مياه الري وعدم مواكبة قنوات الري وضعف عمليات تجهيز الأرض والتسميد والرش وتدني أنواع البذور وضعف مقاومتها للأمراض إضافة الى تصاعد تكلفة الإنتاج خاصة تكلفة مكافحة الآفات التي وصلت الى «40%» من إجمالي التكلفة والتذبذب المستمر من موسم لآخر في الإنتاج مما يؤدي الى فقدان الزبائن ومن أكبر المعوقات هي عدم تنوع الأصناف من الأقطان طويل التيلة والمتاح الآن الصنف بركات الذي تدهورت خواصه الغزلية وتدنت إنتاجيته وقلت مساحته المزروعة ما أدى الى هبوط سريع في انتاجية القطن وتهدف وزارة التجارة لتحقيق ماتسعي له الدولة والاستفادة من إمكاناتها التجارية في السلع والخدمات القابلة للتصدير وبالرغم من إدخال محاصيل جديدة عبر تاريخ تطور الزراعة السودانية إلا أن ذلك لم يحدث نقلة حقيقية في تطور الزراعة السودانية، وكشف وزير التجارة عثمان عمر الشريف عن إحصاءات قدمها بمجلس الولايات لصادرات الأقطان خلال الستة أعوام المنصرمة أن انخفاضاً ملحوظاً لصادرات من 82.256 مليون دولار لكميات بلغت 482.492 بالة إلى 11.769 مليون دولار لكمية بلغت 13.383 بالة وحدث ذلك الانخفاض نتيجة للمشكلات التي واجهت زراعة وإنتاج القطن وتوقعت وزارة التجارة أن تؤدي السياسات المقترحة والمجهودات المبذولة لزيادة إنتاجية القطن إلى ارتفاع في حصيلة الصادرات وأضاف الشريف أن من أهم تلك المقترحات والسياسات هي العمل على تحسين اعداد وتجهيز الاأطان السودانية في(مرحلة الحلج) التخلص من البذرة المكسورة المواد الغريبة إضافة الى التجانس في الحليج وتنشيط الاتفاقيات خاصة مع بعض الدول والمنظمات الاقليمية إضافة الى العمل على تقييم تطبيق قانون مشروع الجزيرة بطريقة صحيحة وشفافة ومعالجة للأزمة الإدارية والقانونية في المشروع وتأسيس علاقة إنتاج تحفز المزارع من خلال شراكة حقيقية، وقال الوزير إذا لم تكن هناك مراجعة دقيقة لقانون مشروع الجزيرة خاصة ومراجعة العلاقة بين المزارع بالأرض والإنتاج فلن نخرج من دائرة المشكلات وأضاف لذا يفترض وضع سياسات على المدى الطويل لتضمين السياسات الزراعية لمحصول القطن والإستراتيجيات في أولويات السياسات الحكومية وإعادة النظر في البحوث الزراعية وتطوير منهجها ووضع برنامج يعيدها إلى سيرتها الأولى أما فيما يخص علاقة الوزارة مع الشركات ذات صلة فهي علاقة تنسيق وتنظيم والمشاركة في وضع الأسعار والتشاور في حل المشكلات والمقترحات التي تعمل على النهوض بالسلعة وأشار الوزير إلى أنه لأول مرة تندرج وزارة التجارة في الموازنة الأخيرة لتكون مسؤولة أمام التجارة في السودان الأمر الذي مكنها من إحضار عشرة خبراء لدراسة تشخيصية للبدء في خطوات عملية زراعة القطن في بورتسودان الذي وقفه عن الولاية أدى إلى إغلاق المخازن وقال هذه الأسباب لم تجعل المواطنين يلاحظوا وجود القطن لان تمويل السياسة النقدية يحتاج الى اصلاح. وبدورهم أجمع أعضاء مجلس الولايات على حالة التدني في إنتاجية القطن وزراعته بالولايات إضافة الى تقليص مساحة الزراعة وإيقاف عمل المحالج كل ذلك كان سبباً في تدني إنتاج القطن بالسودان.
