بالرغم من مراهنة الحكومة على فاعلية أداة تعيين الولاة بدلاً من اختيارهم بعد الإفرازات السالبة التي تسبب فيها موضوع انتخاب الولاة وتبلورت في بروز الجهوية والتكتل القبلي بشكل غير مسبوق، إلا أن واقع الحال يشير إلى أن موضوع التعيين كذلك يواجه تحديات عديدة في بعض الولايات، حيث لم تخفف وسيلة اختيارهم من الصراعات السابقة بل بدأت هذه الصراعات تأخذ أشكالاً جديدة. ففي حالة انتخاب الولاة كان الصراع بين تيارات داخل الحزب الحاكم بسبب الانتماءات القبلية، كل قبيلة تناصر منسوبيها ومن ثم ينتقل إلى السلطة التنفيذية في الولاية المحددة، الآن الصراع يشهد أبعاداً جديدة انتقل فيها من المرحلة الحزبية إلى صراع أصبح بين السلطة التشريعية والتنفيذية من جهة، وبين السلطة التشريعية وحزب المؤتمر الوطني من جهة أخرى، مثلما يحدث الآن في ولايتي الجزيرة والبحر الأحمر عندما أجمع مجلس ولاية البحر الأحمر التشريعي، على سحب الثقة من وزير الشؤون الاجتماعية والثقافية والإعلام دكتور "محمد بابكر بريمة" من منصبه كوزير للشؤون الاجتماعية والثقافية والإعلام، بأغلبية وصلت إلى أكثر من (40) عضواً من جملة عضوية المجلس البالغة (48). وتعود المشكلة حسب ما جاء في الصحف إلى أن المجلس التشريعي كان قد استبق خطوة سحب الثقة باستجواب الوزير دكتور "محمد بابكر بريمة" في جلسة طارئة اضطر فيها إلى قطع إجازته، كانت حول الدراسات المعدة لتنفيذ مستودعات التدخلات المجتمعية في إطار جهود الدولة للحد من الفقر، علماً بأن تكلفة المشروعات بلغت حوالي (19) مليار جنيه مقدمة للولاية من وزارة الرعاية والضمان الاجتماعي الاتحادية، حيث رأى الأعضاء أن هذه المشروعات غير معقولة والدراسات غير دقيقة فيما اعتقد آخرون أن إجراءات المشروعات لم تكن سليمة، ولم تمر بالقنوات التنفيذية والتشريعية. لكن والي ولاية البحر الأحمر "علي أحمد حامد" من جانبه رفض الإجراءات التي اتخذها مجلسه التشريعي، ومن ثم تصاعد الموضوع إلى أعلى مستوى حيث أصبح بين الوالي والمجلس التشريعي الآن. وواضح جداً الغياب التام لأجهزة الحزب الحاكم في الولاية والمركز التي قد تظهر بعد أن اتخذ المجلس التشريعي قراره وأصبح في مواجهة مع الوالي. وبالفعل بدأت إرهاصات هذا الصراع وحزم عضوية الوطني حقائبهم متجهين صوب المركز لحسم الموضوع سياسياً وترك الجرح نازفاً بعد ذلك. أغلبية المجلس التي أجازت قرار سحب الثقة من وزير الشؤون الاجتماعية والثقافية والإعلام بالبحر الأحمر، يشير إلى وجود أزمة بين السلطة التشريعية ممثلة في المجلس مقابل السلطة التنفيذية التي يمثلها الوالي والوزراء من جهة، وبين السلطة التشريعية والمؤتمر الوطني بالولاية من جهة أخرى. وحال مناصرة المركز للوالي فإن الأمور ستزداد تعقيداً لأنه من ناحية دستورية يحق للمجلس سحب الثقة من أي وزير حسب المادة (35) من الدستور. كما أن المادة (179) تجيز للمجلس سحب الثقة من الوالي المعين إذا بلغ العدد ثلاثة أرباع المجلس. معالجة هذه المشكلة بطريقة سياسية ستحدث خللاً في تركيبة حكومة الولاية، لأن المشكلة متشعبة بين عضوية المجلس والحزب الحاكم والمجلس والسلطة التنفيذية. ولاية البحر الأحمر لم تكن وحدها فقد سبقتها ولاية الجزيرة في هذه التوترات التي ظهرت بداية بين الجهاز السياسي وهو المؤتمر الوطني بالولاية ممثل في نائب رئيس المؤتمر الوطني، والجهاز التنفيذي ممثل في والي الولاية "محمد طاهر أيلا"، الأمر الذي اضطر نائب رئيس المؤتمر الوطني "خورشيد" إلى تقديم استقالته للوالي "أيلا" والاعتذار عن المواصلة. وظن بعدها الجهاز التنفيذي أنه احتوى الخلاف إلا أنه اندلع خلاف آخر بين السلطة التنفيذية في مقدمتها والي ولاية الجزيرة والسلطة التشريعية، عندما رفض المجلس التشريعي الموافقة على إجازة مشروع صندوق التنمية بحجة أنه يتعارض مع الدستور الذي يعطي المحليات نسبة أكبر من الموارد، في حين أن الصندوق أعطى النسبة الأكبر للولاية. وتبع هذه المشكلة إقالة أحد أعضاء المجلس التشريعي الفاعلين. ونتيجة لتصاعد المشاكل في ولاية الجزيرة غاب الوالي عن المشهد رغم مشاكل الخريف والفيضانات التي ضربت ولايته ودخل في إجازة مفتوحة قيل للاستجمام، وترك ألسنة لهب الصراعات تتصاعد في الجزيرة التي قيل إنها انقسمت إلى حزب "أيلا" وحزب (الفزعة)، وهناك حديث غير رسمي تتداوله الأوساط السياسية حول التفكير في سحب الثقة من الوالي "أيلا". وقبل أن تتجاوز الجزيرة هذا الصراع بدأ صراع آخر أطرافه المجلس التشريعي بولاية الجزيرة والمؤتمر الوطني، حيث دعا المجلس التشريعي لجلسة طارئة يفترض أن تعقد أمس بالرغم من التوجهات التي أصدرها المؤتمر الوطني بالولاية، جاءت عبر خطاب مباشر من نائب المؤتمر الوطني بالولاية إلى رئيس المجلس التشريعي، طالباً منه عدم عقد هذه الجلسة لكن المجلس أصر على عدم التراجع. فيما أكد الأمين العام للمجلس أنهم يستندون على لائحة تجيز لهم عقد أية جلسة للنظر في أي أمر طارئ. ما يدور من مشاكل في ولايتي البحر الأحمر وولاية الجزيرة يؤكد وجود خلل في أجهزة حزب المؤتمر الوطني، لأنه معلوم أن هناك هيئة نواب الحزب الحاكم في أية ولاية يفترض أن يتفق نوابها على الموضوعات المراد حسمها، قبل أن تصل المجلس التشريعي الذي بالضرورة يمثل حزب المؤتمر الوطني أغلب نوابه، وكون أن المجلس في حالة ولاية البحر الأحمر يتخذ قرار سحب الثقة عن وزير الشؤون الاجتماعية والثقافية والإعلام بالأغلبية، فهذا يعني أن عضوية حزب المؤتمر الوطني يقفون ضد قرارات سلطتهم التنفيذية التي رفضت قرار سحب الثقة من الوزير، وكذلك في حالة ولاية الجزيرة فإن أعضاء المجلس الذين يفترض أن يقفوا مع قرارات الحزب بحسب أنه حزب الأغلبية، يرفضون طلب نائب رئيس الحزب القاضي بإيقاف إجراءات الجلسة الطارئة. المشاكل التي تدور في هاتين الولايتين بجانب ولايات أخرى تم تغيير ولاتها مثل ولاية نهر النيل التي كان على رأسها "محمد حامد البلة"، وولاية غرب دارفور التي كان يتولى منصب الوالي فيها "خليل عبد الله"، تؤكد على أن منصب الوالي أصبح من المناصب الساخنة التي تحتاج من الحزب الحاكم إعادة حساباته التنظيمية ممثلة في ولاءات منسوبيه.
