يتمحور الخلاف الأساسي بين الطرفين باعتبار التيار السلفي كل ما تقوم عليه الصوفية من افكار واعمال بانها مجرد (بِدع وضلالات) لا أساس لها وينبغي محاربتها لكنهم يتبعون منهجا من السنة لازالة ذلك المنكر. تنفي الجامعة الاتهامات التي تواجه بها خول هدم القباب و نبش القبور والتي سيقت بحقهم وقالت ان ما حدث لا علاقة لها به، ويقول القيادي بالجماعة في منطقة بحريالشيخ عبد الفتاح: “نريد هدم القباب في القلوب بالعلم و الايمان وانارة الطريق الصحيح لهم اولا ومن ثم دحض الباطل لان هدم القباب ونبش قبور الاولياء يجعل التشدد اكبر وبتنى القباب مرة اخرى و(مسحلة باسمنت وسيخ) وتسلط هالة اعلامية عليها تصنفها على انها ضحية مما يزيد من التعاطف معها”، ويلفت عبد الفتاح الي ان انكار المنكر لا يكون الا بضوابط واذا كان يأتي بمنكر اكبر منه يترك والقاعدة الشرعية تقول: درء المفاسد يقوم على جلب المصالح. وفي المقابل يقول الكاتب الصحفي المهتم بشؤون الجماعات الدينية محمد الانور الشيخ ادريس ان الاوضاع تنحدر بشكل خطير مع تكرر الاحتكاكات ويتهم الانورالفكر الوهابي بالوقوف وراء الاحداث الاخيرة ويقول ايضاً ” من الطبيعي ان يتبرأوا من تلك الاحداث ولكن جذور الجناة الفكرية تنتمي لتلك المجموعات”، ويحذر من ان هذا الامر يقود لعواقب طائفية ودينية ويقول: “إذا استمر تمدد الوهابية بهذه الصورة فان المجتمع السوداني سيتفكك ويتصدع لا محالة سيزول كما حدث في عدد من دول المنطقة”. وليس بعيداً عما سبق يحذر رئيس حزب الوسط الاسلامي يوسف الكودة من التوترات والاحتكاكات الصوفية والسلفية التي تؤثر على العلاقة بين الطوائف الدينية في السودان، ويضيف الكودة : “إن كل ما يحدث مؤخراً من مواجهات بين أنصار السنة والطرق الصوفية وان كان امراً عارضاً الا انه يُعتبر بذرة شقاق طائفي يمكن ان يتطور” ويختتم حديثه: “لسنا معصومين من ان نصاب بما اصاب بعض الدول الاسلامية من تعصب طائفي يؤدي في النهاية الي الاحتراب والاقتتال”. غير ان الكاتب الصحفي المقرب من الجماعات السلفية طارق المغربي يقول ان الاحتكاكات بين الصوفية وانصار السنة قديمة وخفيفة ويحذر من جهة ثالثة تقوم بتلك الافعال من مصلحتها تأجيج الصراع بين الطائفتين ويتهم صراحة من يصفهم بالصوفية المتشيعين. غير ان الكاتب الصحفي بجريدة الصيحة حسن عبد الحميد يقول ان القيم السودانية التي تعلي من قيم التعايش والتسامح اضافة لحكمة قيادات الصوفية وانصار السنة والجماعات السلفية يمكن ان تشكل ضماناً لعدم انزلاق السودان في عنف طائفي ويلفت عبد الحميد المهتم بشأن الجماعات الدينية في العالم الإسلامي الي ان الحوادث الأخيرة باتت فعلاً مرجعة وينبغي الانتباه لها ومحاصرتها بالتعامل مع الجناة وفقاً للقواعد الشرعية والقانونية. في اتجاه آخر يرى الباحث في علم الاجتماع وليد الطيب ان التوجه الجديد للتيار السلفي الرئيس لا يضع مواجهة الصوفية في أولوياته غير ان هناك اقلية كالشيخ محمد مصطفى عبد القادر وتلاميذه يشغلون انفسهم بالرد على الصوفية، ويقول: “ان التيارات السلفية الاخرى الجديدة عبد الحي يوسف ومحمد عبد الكريم لم يعرف عنهم اهتماما بهذه القضايا ومشغلون بنشر العلم الشرعي والسياسة وغيره ولهم صلات حسنه مع مختلف التيارات”، ويشير الي ان هناك تياراً سلفياً جداداً يختلف عن سابقيه رغم ان جذوره قد تعود لاحدى المدرستين السابقتين ولكنه يختلف حاليا عنهما السلفية السودانية المعروفة بتياراتها المختلفة ويخضع ان ينتقل فيروس العنف العقائدي لقضايا اخرى غير لمتصوفة ويعود الحال بهم لقضايا التكفير واستعمال القوة في انكار المنكر (استئساد على السلطة) وقد يطال ذلك بعد رموز التيار العلماني وقد يطال الحزر الحاكم. غير ان الكاتب الصحفي المقرب من المتصوفة محمد الأنور يرى خلاف ذلك ويقول بنى الوهابية منهجهم على معاداة التصوف فإذا ذهب التصوف فلن يجدوا عملاً ويمضي في حدثه ويقول: “هذه العداوة استخدم فيها الوهابية اسلحية بعيدة كل البعد عن الدين والأخلاق تعمل عبر منابرها المختلفة على سب وقذف للمشايخ والتلفيق والكذب عليهم ومن ثم تكفيرهم واباحة دمائهم”، ويحذر ايضاً من تزايد (حلقات السوقية) للجماعات السلفية ويصفها بالقنابل المؤقتة ويقول: “إن الاساءات تنامت مع تزايد هذه الحلقات التي يستغلها الوهابية لتدريب صبيتهم على الخطابة عبر سب المشايخ وإطلاق النكات البذيئة”، ويقول الصحفي حسن عبد الحميد الي المسلم ليس بطعان ولا لعان ولا فاحشاً ولا بذيئاً ويشرح عبد الحميد حديثه ويقل ان المنهج المستخدم من قبل جماعة فقيري مستمد من مدرسة الداعية المثير للجدل محمد مصطفى عبد القادر التي تميل لأساليب أركان النقاش ويطغى عليها اللمز والطعن ويزيد عبد الحميد ان بعض الصوفة تأثروا بها أيضاً وهو ما قاد للاحتكاك الأخير بالثورة.
