قوبل الإعلان عن تطبيع العلاقات بين السودان وإسرائيل، وهو الإعلان الثالث من نوعه لدولة عربية بعد الإمارات والبحرين في أقل من 3 أشهر، بموقف فلسطيني مجمع على الرفض، وعلى اعتبار مثل تلك الاتفاقيات "خيانة" لقضية فلسطين، وللإجماع العربي حولها، وتهديدًا لمستقبل الشعوب العربية وأمنها القومي. ودانت الرئاسة الفلسطينية ورفضت تطبيع العلاقات السودانية مع دولة الاحتلال الإسرائيلي التي تغتصب أرض فلسطين، وأكدت، في بيان لها مساء اليوم الجمعة، أن ذلك مخالف لقرارات القمم العربية، وكذلك لمبادرة السلام العربية المقرة من قبل القمم العربية والإسلامية، ومن قبل مجلس الأمن الدولي وفق القرار 1515. وشددت الرئاسة على أنه "لا يحق لأحد التكلم باسم الشعب الفلسطيني والقضية الفلسطينية"، مشددة على أن "الطريق إلى السلام الشامل والعادل يجب أن يقوم على أساس القانون الدولي وقرارات الشرعية الدولية والمرجعيات المحددة، بما يؤدي إلى إنهاء الاحتلال الإسرائيلي لأرض دولة فلسطين، وتحقيق الاستقلال للشعب الفلسطيني في دولته وعاصمتها القدس الشرقية على حدود العام 1967". وأشارت الرئاسة الفلسطينية إلى أن "القيادة الفلسطينية سوف تتخذ القرارات اللازمة لحماية مصالح وحقوق الشعب الفلسطيني المشروعة". بدورها، أكدت حركة المقاومة الإسلامية "حماس" إدانتها وغضبها من"التطبيع المشين والمهين الذي لا يليق بالسودان شعبًا وتاريخًا ومكانةً ودورًا كدولة عمق داعمة لفلسطين وقضيتها ومقاومتها". ودعت "حماس"، في بيان وصلت إلى "العربي الجديد" نسخة منه، شعب السودان إلى "رفض هذا الاتفاق العار والذي لن يجلب للسودان استقرارًا ولا انفراجًا كما يدعون، بل سيأخذ السودان نحو المزيد من التشتت والتضييق والضياع، وسيؤدي إلى المزيد من هيمنة الاحتلال الإسرائيلي على مقدرات شعوبنا وأمتنا، ويمثل اختراقًا وضربًا لمصالح الأمة وتمزيق صفوفها، وفي المقدمة منها تمزيق السودان نفسه". وطالبت كذلك شعب السودان "العريق" ب"محاربة كل أشكال التطبيع، وعدم القبول بأي علاقة مع هذا العدو المجرم مهما كان شكلها". وأكدت حماس "يقيننا وثقتنا بشعوب أمتنا أنها لن تنجر لهذا المستنقع كما فعلت بعض الأنظمة والحكومات، وستبقى شعوب أمتنا نابضة بحب فلسطينوالقدس والمسجد الأقصى المبارك، والإخلاص للقضية الفلسطينية حتى تطهير فلسطين من رجس الغزاة الصهاينة الغاصبين". الإعلان عن اتفاق تطبيع العلاقات بين السودان والاحتلال الإسرائيلي من جانبه ،اعتبر عضو اللجنة المركزية لحركة "فتح" عباس زكي، أن اتفاق التطبيع بين الخرطوم وتل أبيب، سيثبت أقدام إسرائيل لنهب ثروات السودان. وأضاف في حديثه ل"الأناضول"، معقبا على إعلان الاتفاق: "شعب السودان مبدع ومثقف وعظيم، أعلن أنه ضد التطبيع، ويرفض ذلك". ووصفت حركة الجهاد الإسلامي في فلسطين الاتفاق بأنه "يهدد هوية ومستقبل السودان وخيانة للأمة ولثوابت الإجماع العربي". وقال القيادي في حركة الجهاد الإسلامي، داود شهاب، إن "النظام السوداني ينزلق بالسودان نحو الحضن الإسرائيلي ويقدم هدية مجانية لإسرائيل ويدفع من قوت الفقراء والمشردين من الشعب السوداني أموالا طائلة ثمنا لنيل الرضا الأميركي". وأوضح شهاب، في تصريح وصلت إلى "العربي الجديد" نسخة منه، أن "النظام السوداني يسجل بذلك كتابا أسود في تاريخ السودان بلد اللاءات الثلاث". وشدد على "الثقة بأن الشعب السوداني والأحزاب القومية والوطنية في السودان لن تقبل هذه الخيانة"، مؤكداً أن "قوى الحرية والتغيير أمام اختبار مصيري سيحدد مسار التغيير في هذا البلد العزيز على قلوبنا". كما دانت الجبهة الشعبية لتحرير فلسطين إقدام النظام السوداني على التطبيع مع الاحتلال الإسرائيلي، والذي يضاف لمسلسل "السقوط والخيانة لأنظمة التبعيّة العربيّة التي حوّلت ذاتها ودورها إلى مواقع التبني والانخراط في المخطّطات المُعادية لمصالح شعوبها وشعوب الأمّة العربيّة"، وفق بيان صادر عن "الجبهة". واعتبرت أن "إقدام النظام السوداني على خطوته الخيانيّة بالتطبيع، هو خيانة لثورة شعب السودان الذي دفع الغالي والنفيس من أجل التحرّر من التبعيّة، ومن أجل سودانٍ حر ومستقل". وعبَّرت الجبهة عن ثقتها بأن "شعب السودان سيقبر خيانة نظامه، وسيقبر كل من أقدم على هذه الخيانة، ولن تحميهم الإدارة الأميركيّة ورئيسها الذي قدّمت له مصالح السودان وشعبه قربانًا في سباقه الانتخابي". بدوره، شدد عضو اللجنة التنفيذية لمنظمة التحرير الفلسطينية بسام الصالحي، على "الثقة العالية بالشعب السوداني أن يفشل التطبيع والابتزاز الأميركي"، مؤكدا لوكالة "الأناضول" أن الاتفاق سيضر الشعب السوداني كما سيضر الشعب الفلسطيني".
