عبرت حكومة جنوب السودان عن غضبها عقب تلقيها إخطاراً رسمياً من الخرطوم في السابع من يوليو بوقف تدفق النفط عبر أراضيها، وقالت إن القرار يمكن أن ينسف بلا رجعة الحلم بوجود دولتين تتعايشان سوياً بصورة سلمية. وقال وزير الإعلام الجنوبي "بارنابا ماريال": (لم نندهش لذلك، ولكننا نعتقد أن قرار حكومة السودان بوقف تدفق النفط عبر أراضيها هو قرار غير مبرر). وأضاف في تصريحات خاصة ل(سودان تربيون) (قالت حكومة الجنوب مراراً وتكراراً أنها لا تدعم أياً من الجماعات المسلحة التي تحارب الخرطوم). واستطرد قائلاً إن "الخرطوم" كانت تضمر خرق الاتفاقية لأنها لا تريد استخدام الإجراءات والآليات المنصوص عليها في الاتفاقية للتعامل مع أي تحفظات حول تطبيق اتفاقية التعاون المشترك. ومن جانبه قال المتحدث باسم وزارة خارجية جنوب السودان "ماوين ماكول" إن حكومة الجنوب تناشد تدخل قوى أجنبية للضغط على السودان لتطبيق اتفاقية التعاون.