اعتبر محللون سياسيون أن احتضان حكومة جنوب السودان لحركات دارفور المسلحة له دلالات خطيرة على العلاقات بين الشمال والجنوب حال انفصال الأخير، محذرين من أن تقود مناكفات شريكي الحكم إلى حرب سودانية شاملة. فلا يزال حزب المؤتمر الوطني -الشريك الأكبر في حكومة السودان التي يتقاسمها مع الحركة الشعبية- يواصل نقده واعتراضه بل وتهديده لشريكته من مغبة استضافة ورعاية الحركات المسلحة بدارفور التي يتواجد كثير من قادتها في جوبا عاصمة الجنوب. ورغم مبررات الحركة الشعبية التي أشارت فيها من قبل إلى أنها تسعى من وراء ذلك لتوحيد الحركات لجهة تسهيل طرق حل أزمة دارفور، فإن ذلك الاحتضان بدا وكأنه محاولة لتأهيل مقاتلين جدد لقيادة ما يسمى بحزام المهمشين في السودان. ويبدو أن ما يتوقعه المراقبون والمحللون السياسيون من مواجهات بسبب رعاية الشعبية لبعض مسلحي دارفور في طريقه لحيز الوجود بعدما أعلن المؤتمر الوطني أنه لن يتوانى في خرق اتفاقية السلام كلها إذا ما قامت الحركة الشعبية بخرقها مرة. صمت جنوبي وفيما اكتفت الحركة بالصمت حيال ذلك، اعتبر محللون سياسيون أن خطوة الحركة الشعبية "غير مبررة طالما هي جزء من حكومة الوحدة الوطنية حتى الآن". فقد حذر رئيس وفد الحكومة لمفاوضات الدوحة أمين حسن عمر الحركة من استضافة مسلحي دارفور بالجنوب، قائلا في مؤتمر صحفي "من يبذر الريح سيحصد العاصفة". المحلل السياسي محمد علي سعيد اعتبر أن احتضان حكومة الجنوب لحركات دارفور له دلالات خطيرة على العلاقات بين الشمال والجنوب حال انفصال الأخير، مشيرا إلى أن مبررات الحركة لجهة توحيد حركات دارفور للمساهمة في حل أزمة الإقليم تضحضه الاتهامات المتواترة بين المؤتمر الوطني والحركة الشعبية. ولم يستبعد سعيد في تعليق للجزيرة نت أن يكون قادة حركات دارفور "يهدفون من وراء التواجد بجوبا للإعداد لحرب جديدة أكثر قوة بعد الاستزادة من مؤن وآليات الجيش الشعبي. وأضاف "من الواضح أن الحركة الشعبية تدعم أولئك القادة سياسيا ولوجستيا، وربما يشمل ذلك المساهمة في التسليح والتدريب". جوار سلمي واستبعد أن تسعى الحكومة الجديدةبجنوب السودان حال تحقق الانفصال إلى خلق جوار سلمي بين الخرطوموجوبا، "بل ربما تسعى لخلق اضطرابات وقلاقل في الشمال باحتضان كل معارضي الخرطوم". أما أستاذ العلوم السياسية بجامعة الخرطوم بابكر أحمد الحسن فقد أشار إلي أن طرفي الحكم في السودان "يسيران باتجاه تعكير الأجواء السياسية بينهما"، مشيرا إلي أن خمس ولايات حدودية مع الجنوب مرشحة للحرب "لكن بالوكالة". وقال إن طرفي الحكم في السودان "لا يعملان لتعزيز خيار الوحدة أو قيادة البلاد نحو الاستقرار الحقيقي دون وجود مناكفات ربما تقود في نهاية المطاف إلى حرب سودانية شاملة". شعوب متعددة من جهته اعتبر المحلل السياسي حسن مكي أن الجنوب ليس شعبا واحدا كما هو الحال بالنسبة للشمال، مشيرا إلى أن هناك حركات جنوبية معادية للحركة الشعبية "موجودة بالشمال". وقال إن "دعاة السودان الجديد لا يؤمنون بانفصال الجنوب وحده وإنما يعملون لتشكيل حزام يتكون من الجنوب ودارفور والنيل الأزرق وجبال النوبة، مسنود ذلك كله بقوى ومنظمات عالمية ودول كبرى". وأكد للجزيرة نت أن "هناك تيارا لا يؤمن بالانفصال، كما أن هناك تيارا وحدويا ضعيفا لا صوت له"، مشيرا إلى أن كل تيار من التيارات يعمل لمصلحة مشروعه.
