رفض الحزب الشيوعي الاتفاق الذي تمّ بين المجلس العسكري وقوى الحرية والتغيير، مؤكّدًا تمسكّه بمواثيق قوى الحرية والتغيير ومواصلة النضال والتصعيد الجماهيري السلمي بمختلف الأشكال حتى تحقيق أهداف الثورة والانتزاع الكامل للحكم المدني الديمقراطي. وقال الحزب في بيانٍ إن الاتفاق منقوص ومعِيب وأنه يصُب في مجرى الهبوط الناعم الذي يُعيد إنتاج الأزمة بالاستمرار في سياسات النظام السابق القمعية والاقتصادية والتفريط في السيادة الوطنية التي ثار ضدها الشعب السوداني، وهو لا يرقى لتضحيات جماهير شعبنا الممهورة بالدماء ولا لمواكب مليونية 30 يونيو و13 يوليو التي أكدت على المدنية الكاملة للحكومة الانتقالية. وأوضح أن الاتفاق فارق قرارات الاتحاد الإفريقي المؤيدة والمدعومة من الاتحاد الأوروبي والترويكا والكونغرس الأمريكي والأمم المتحدة التي طالبت بالقيادة المدنية الكاملة للحكومة الانتقالية والبناء على ما تم الاتفاق عليه سابقاً. وأكّد البيان أن الاتفاق يتعارض مع قرار الاتحاد الإفريقي بتسليم السلطة لحكومة مدنية، وانحرف إلى تقاسم السلطة مع العسكريين، ويتعارض أيضاً مع قرار الاتحاد الإفريقي (854) في حالة عدم تسليم السلطة لحكومة مدنية تفرض عقوبات على البلاد وفردية على المجلس العسكري وعدم الاعتراف به. وأشار البيان إلى تكريّس هيمنة المجلس العسكري على كل مفاصيل الدولة، مما يتناقض مع مبدأ البناء على ما تم في الاتفاق السابق. وأضاف: "أكّد العسكري على مراجعة النِسب التي تم الاتفاق عليها سابقاً (67% لقوى التغيير و33% للقوى غير الموقعة على الإعلان)". وكشف الحزب عن أن الاتفاق أغفل ما يتعلق بتفكيك النظام، محاسبة رموزه الفاسدة، استعادة أموال وممتلكات الشعب المنهوبة، وإلغاء كل القوانيين المقيدة للحريات، وإعادة هيكلة جهاز الأمن ليصبح لجمع المعلومات وتحليلها ورفعها. وبحسب الشيوعي، فإنّ الاتفاق أشار إلى المؤتمر القومي الدستوري بصورة عابرة. وقال الشيوعي إن الاتفاق التف على لجنة التحقيق المستقلة الدولية مما ينسِف تحقيق العدالة لشهداء الشعب. وأبدى الحزب اعتراضًا على عدم رجوع قوى الحرية والتغيير لبقية مكونات قوى التغيير بعد الوصول إلى اتفاقٍ مع المجلس العسكري، مشيرًا إلى أن عدم إعلان الاتفاق بمرسوم دستوري يعدّ خطأ سيعطي شرعية للمجلس العسكري. وزاد الحزب: "الاتفاق في هيمنة العسكريين على مفاصل الحكومة الانتقالية بما في ذلك الحكم لمدة 21 شهرا الأولى بمرسوم دستوري وتعيين وزيري الدفاع والداخلية والتشاور في تعيين رئيس مجلس الوزراء والانفراد بهيكلة القوات المسلحة مما يصادر حق مجلس الوزراء والمجلس التشريعي.
