شهدت حركة البضائع عبر النقل النهرى من ميناء بور بولاية جونقلى إلى ولايتى أعالى النيل والاستوائية الوسطى تراجعاً ملحوظاً فى حركة بعض السلع، ويربط الميناء الجنوب بالشمال ويستقبل البضائع الواردة من الشمال للجنوب. وقال عدد من من العاملين بميناء بور إن الخط النهري يعد من الخطوط الحيوية لربط الشمال بالجنوب، حيث يتميز بميزات عديدة، منها السعات الكبيرة، والسرعة مقارنة مع النقل البري. وذكروا أن العمل التجاري في الميناء كان أفضل في الفترة السابقة، حيث يتم نقل بعض المحاصيل المهمة مثل الذرة من الشمال، وأضافوا: "الآن تم إيقاف نقل الذرة من الشمال". يشار إلى أن ميناء كوستي النهري يعتبر الميناء الرئيس الذي يربط شمال السودان بجنوبه، ويقوم بنقل الركاب والبضائع عبر النيل الأبيض، وتم عمل تيث لميناء كوستي النهري، وإنشاء ميناء جاف لنقل البضائع، وبناء مرفأ لنقل المواطنين، الذين يتحركون بين الشمال والجنوب.