حّمل المؤتمر الوطني، الحركة الشعبية، مسؤولية ما يترتب على ما وصفه بدعمها المستمر لحركات المعارضة المسلحة بدارفور. وأعتبر عضو المكتب القيادي والسياسي للمؤتمر الوطني، الدكتور محمد مندور المهدي، في تصريح صحفي استقبال الحركة الشعبية لقيادات تمرد دارفور بجوبا بأنه (إعلان حرب) من جانب الحركة، مطالباً الحركة الشعبية بضرورة اتخاذ إجراءات عاجلة تستوجب إخراج الحركات المسلحة الدارفورية من الجنوب فوراً وإيقاف كافة مظاهر الدعم اللوجستي والسياسي الذي تقدمه لهم. وأضاف قائلاً:(إذا لم تستجب الحركة لهذه المطالب عليها تحمل مسؤولية ما يترتب على ذلك). واتهم مندور الحركة الشعبية تسليم القائد العام لقوات العدل والمساواة سليمان صندل أسلحة وذخائر بمنطقة جبال خنافس. ويذكر ان الحركة الشعبية ظلت تتهم المؤتمر الوطني بتسليح الميليشيات المارقة على حكومة الجنوب وامداد جيش الرب اليوغندي بالاسلحة والذخائر لزعزعة الاوضاع الامنية في الجنوب .