نشبت بوادر أزمة بين وزير الصحة بولاية الخرطوم، والمجلس القومي للتخصصات الطبية عقب دفع الوزير بخطاب لوزيرة تنمية الموارد البشرية والعمل انتقد فيه أداء المجلس وطالب بإصلاحه والنظر في كيفية إدارته وإدارة مراكز التدريب، ولوّح بإغلاق جميع أبواب المستشفيات في وجه نواب المجلس والتي تمثل (85%) من مستشفيات التدريب المعتمدة من قبل المجلس، واقتصار التدريب على الشهادات الأجنبية (الزمالات البريطانية والمصرية). وفي المقابل، فند المجلس عبر خطاب حديث الوزير، وأكد أن مراكز التدريب لا تقتصر على مستشفيات الخرطوم، بل تمتد لعدد من الولايات ولم تتسلم تقريراً سالباً عن أداء النواب بالولايات، ووصف الدعوة لعودة التدريب للجامعات بالعودة للوراء لجهة أنّ قراراً جمهورياً سمى المجلس الجهة الوحيدة المرخص لها لتدريب النواب لنيل الاختصاص. وقال بروفيسور مأمون حميدة وزير الصحة, إنّ المجلس يرسل النواب إلى المستشفيات دون مشاورتها أو سلطة عليها، وأضاف أنّ المجلس وصل إلى نفق مسدود، وأشار إلى أن دوره يمكن أن تقوم به أية جهة بتكلفة أقل، وأكد تدني المستويات والمخرجات ما أدى لمغادرة القادرين للتخصص بالخارج، وشدد على ضرورة التنسيق التام بين وزارته وتنمية الموارد وإدارة المجلس. وفي السياق، أكد المجلس بخطاب ممهور باسم رئيسه بروفيسور عثمان طه، أن الجامعات لا قدرة لها لتأهيل (4385) نائباً، ولا (15%) منها، بجانب أعبائها الأكاديمية، ونوّه إلى أنّ المجلس يخدم كل الولايات ولا حق لوزارة الصحة بالخرطوم في فرض الوصاية عليه، ونبّه لرفض المجلس طلباً للوزير بإرسال نواب لمستشفيات غير معتمدة مع عدم حساب الفترة ضمن التدريب الأمر الذي قُوبل بالرفض من قبلهم.