مع بدايات التسجيل لاستفتاء جنوب السودان والذي من المفترض أن يتم في التاسع من يناير 2011م حسب ما نصت عليه اتفاقية السلام الشامل 2005م بدأت بعض التجاوزات من الحركة الشعبية تظهر في مراكز التسجيل حيث تم رصد العديد من التجاوزات والتي من شأنها أن تقود إلى رفض نتيجة الاستفتاء من جانب المؤتمر الوطني، والذي سبق أن حذر من أنه اذا لم تكن عملية الاستفتاء شفافة ونزيه فانه لن يقبل بنتيجتها. والآن ومع بداية التسجيل حدثت التجاوزات من قبل الحركة الشعبية والتي اعتادت على مثل هذه الممارسات ببسط سيطرتها وسيطرة الجيش الشعبي بالجنوب مثل ما حدث إبان الانتخابات النيابية الأخيرة حيث لم تعطى الفرصة إلى المواطنين ليحددوا آراءهم بكل نزاهة وشفافية. وما يحدث الآن في مراكز التسجيل للاستفتاء يؤكد أن الحركة الشعبية بهذه الخروقات تؤكد خرقها لقانون الاستفتاء، ففي الولاياتالجنوبية كان هناك العديد من التجاوزات حيث قامت لجان التسجيل في ولايات أعالي النيل، وغرب بحر الغزال بمنع القبائل غير الجنوبية من التسجيل بحجة أنها غير جنوبية وكان ذلك بمراكز مقاطعة الرنك خاصة مركز منطقة جودة ومراكز كيلو خمسة، وكذلك بولاية غرب بحر الغزال بمدينة واو ومركز حي الفلاتة وحي نمرة (3)، كما حدثت معاكسات ومضايقات لكل أبناء الملكية في جميع الولايات، كما أن هناك عدد من المراكز بولايات البحيرات وغرب الاستوائية والاستوائية الوسطى، وولاية الوحدة وولاية واراب يسيطر عليها الجيش الشعبي ولا يستطيع المراقبون الوصول إليها ولا مناديب الأحزاب وهذه مدعاة إلى التزوير مع العلم أن قوات الحركة الشعبية يرتدى أفرادها زي الشرطة بحجة تأمين المراكز وهذا إن دل على شئ أنما يدل على نية الحركة الشعبية القاطعة في تزوير الاستفتاء السبب الذي سيؤدي بدوره إلى عدم الاعتراف بنتيجته من جانب المؤتمر الوطني كما حذر سابقاً. ولم تكتف الحركة الشعبية بهذه الخروقات فقد مارست أسلوب الاعتقالات لكل من يدعو إلى الوحدة وبهذا لم تستطع الفئات التي تدعو إلى الوحدة إلى إظهار آراءهم بكل حرية وشفافية ونزاهة تعبر عن إرادة الشعب الجنوبي فقد اعتقلت الحركة الشعبية صباح السبت 20/11 بمطار جوبا نائب أمين أمانة الشباب بالمؤتمر الوطني رئيس لجنة الشباب باللجنة العليا لدعم الوحدة التي شكلها رئيس الجمهورية مؤخراً وقد تحدث إلينا عبد المعطي محمد خير نائب أمين أمانة الشباب بالمؤتمر الوطني موضحا أن سلطات الحركة الشعبية قامت باعتقال زهير حامد سليمان وهو في طريقه من جوبا إلى بور للتبشير ببرامج الوحدة وقد اقتادته الحركة الشعبية إلى جهة غير معلومة وحدث ذلك في مطار جوبا مع العلم بأن المعتقل مشرفاً على ولايات أعالي النيل الكبرى من قبل اللجنة العليا لدعم الوحدة كما أبان عبد المعطي أن الحركة الشعبية ظلت تمارس كل أنواع الترهيب والتهديد لكل من يدعو إلى الوحدة بينما توفر الحماية للذين يدعون إلى الانفصال بل دعمهم، مشدداً على أهمية إعطاء المواطن الجنوبي حقوقه المكفولة حسب القانون وحرية الاختيار، وأضاف بأن قطاع الشباب لديه من الآليات ما يفضح أساليب الحركة الشعبية في كل مراحل الاستفتاء. وقد أدت هذه الخروقات إلى تخوف الأحزاب الجنوبية من تزوير نتيجة استفتاء الجنوب حيث أبدت الحركة الشعبية التغيير الديمقراطي تخوفها من عمليات تزوير واسعة قد تطال صناديق الاستفتاء من قبل الجيش الشعبي عند حلول موعد الاقتراع مستدلة بما أسمته عملية إرهاب المواطنين الجنوبيين وإرغامهم على تغليب خيار الانفصال محملة حكومة الجنوب كل نتائج تدخلها في توجيه المواطنين وقد أوضح الأستاذ علي منيب نائب رئيس الحركة الشعبية التغيير الديمقراطي للشؤون الثقافية والاجتماعية في هذا الجانب أن هناك مخاوف كبيرة تسيطر على كافة الأحزاب الجنوبية من إقدام الحركة الشعبية على تزوير إرادة المواطن الجنوبي عند التصويت في الاستفتاء القادم خاصة وأن تاريخ الحركة السياسي حافل بالتجاوزات وآخرها إجبار نازحي الجنوب في شمال السودان على العودة إلى مناطقهم وأبان أن حزب الحركة الشعبية التغيير الديمقراطي سيفضح أي سلوكيات قد تضر بمصلحة المواطن الجنوبي في عملية الاستفتاء داعياً حكومة الجنوب للالتفات إلى ترقية الخدمات المتردية وترك المواطن الجنوبي يقرر مصيره لوحده. وأضاف أن حزبه لن يعترف بالنتائج إذا حدثت تجاوزات من قبل الحركة الشعبية كاشفاً عن تشكيل لجنة متابعة توصيات مؤتمر الحوار الجنوبي الجنوبي منبهاً إلى أن الأحزاب الجنوبية لن تترك الحركة الشعبية تنفرد بحكم الجنوب إذا حدث انفصال كما هو الحال الآن. وقد رصد المؤتمر الوطني شريك الحركة في الحكم جملة من التجاوزات قامت بها الحركة في عمليات التسجيل مما يشكل حجة قوية لرفضه نتيجة الاستفتاء في حالة جرى بصورة غير نزيه، وعن هذه الخروقات التي تشكل تجاوزا واضحا لقانون الاستفتاء تحدث د. مندور المهدي القيادي بالمؤتمر الوطني مشيرا إلى أن توقيت التسجيل صادف أيام عطلة عيد الأضحى المبارك وفيه يكون المسلمين وغيرهم منشغلين بترتيبات العيد كما أن هناك عدد من المواطنين تم إرجاعهم ومنعهم من التسجيل رغم وجود أوراقهم الثبوتية. وأوضح د. مندور أن حزبه لن يعترف بنتيجة الاستفتاء إذا لم تتدارك المفوضية هذه الخروقات الكبيرة موضحا أن الحركة الشعبية تقوم بعمليات الترهيب للجنوبيين والتهديد للذين يعملون على حث المواطنين الجنوبيين للتسجيل. و أشار إلى وجود عناصر من الحركة الشعبية في كل مراكز التسجيل تعوق التسجيل وأوضح أن حزبه رصد الخروقات التي تمت في مراكز التسجيل ورفعها للمفوضية إلا أنها لم تفعل شيئاً لتصحيح المسار. وقد انتقد السياسي البارز ديفيد ديشان هذه الخروقات التي صاحبت عملية التسجيل بالجنوب والشمال وأشار إلى أنها لن تحقق الاستفتاء المطلوب كما اتفقت عليه الأحزاب الجنوبية مع الحركة الشعبية في مؤتمر الحوار الجنوبي الجنوبي. كما انتقد المؤتمر الوطني من جانبه تأخير المفوضية في بدء العمل في أغلب المراكز والانصراف باكراً كما أن بعض قيادات الحركة اقدموا على طرد المواطنين الجنوبيين من داخل المراكز، وقد حدث تهديد بالقتل بمركز الكلاكلة الوحدة من قبل موظف بالمفوضية ضد أحد منسوبي المركز الرديف (تم فتح بلاغ) كما أن هناك تهديد بالسلاح للمواطنين بواسطة أفراد من الحركة الشعبية يستغلون عدد من السيارات ويطوفون بها على مراكز التسجيل بالخرطوم كما أنه تم تدمير منزل ناشطة بالسجل في محلية بحري طيبة الأحامدة من قبل أفراد في الحركة الشعبية وتم تسجيل زيارة لها بواسطة المعتمد وقد تقدم المجلس الأعلى للسلام والوحدة بولاية الخرطوم بمذكرة إدعاء رسمية لمفوضية استفتاء جنوب السودان لما بدر من خروقات وتجاوزات. ومن جانبه أكد رئيس المجلس الأعلى للسلام والوحدة بولاية الخرطوم بول ليلي أن المجلس ظل يراقب إجراءات التسجيل الخاصة باستفتاء جنوب السودان وقد ظهرت عدة تجاوزات وخروج على القانون الخاص بالاستفتاء مضيفاً أن المجلس تقدم بعريضة رسمية يطالب المفوضية باتخاذ إجراءات واضحة إزاء ذلك.
