عرف عن الأمير سلطان حبه للخير والبذل لأصحاب الحاجات والفقراء, وكان مكتبه ومسكنه لا يخلوان من المرتادين الذين يطلبون المساعدة منه أو يعرضون مشاكلهم الخاصة، أو يطلبون التدخل الشخصي لإنهاء ضائقة أو معاناة, وكانت هذه الطلبات تؤخذ على محمل الجد متى ما ثبتت مصداقيتها. كما يسجل للأمير سلطان حرصه اليومي على توفير العلاج للمرضى أو إرسال طائرات الإخلاء الطبي لنقل المرضى أو المصابين إلى المستشفيات والمراكز الطبية المتقدمة داخل البلاد وخارجها وتقديم مساعدات مالية من جيبه الخاص للمحتاجين أو تحويل مطالب البعض إلى الجهات المختصة لتحقيقها.
وفي مناسبات القطاعات الإنسانية والخيرية التي يرعاها الأمير سلطان يسارع في دعم المشاريع التي تقوم هذه القطاعات بتنفيذها والإشراف عليها ويعلن عن تبرعه لها بمبالغ كبيرة بهدف استمرارها وتوسيع نشاطاتها وطرح مشاريع جديدة لها. وللأمير سلطان حضور مشهود في إنقاذ أشخاص من حكم القصاص عندما يتنازل الورثة عن القصاص لقريب لهم مقابل مبلغ مالي، حيث يقوم الأمير سلطان بسداد هذه المبالغ التي تصل إلى ملايين الريالات.
وقد توج الأمير سلطان أعماله وجهوده الخيرية في تبني مشروع كبير وهو مشروع مؤسسة سلطان بن عبد العزيز آل سعود الخيرية التي أنشئت عام 1995م لتقدم العديد من البرامج والأعمال الخيرية والبحوث العلمية تنفيذاً ودعماً, منها ما هو للجامعات والكليات الأهلية والجمعيات الخيرية أو للمستشفيات الخاصة والعامة، أو لتوفير بعض متطلبات ذوي الاحتياجات الخاصة من الأجهزة والمعدات الطبية المساعدة إضافة إلى تعبيد الطرق، وحفر الآبار داخل المملكة وخارجها، وتشجيع الباحثين والمفكرين بطباعة مؤلفاتهم على نفقة المؤسسة، ودعم المؤتمرات والندوات المتعلقة بذوي الاحتياجات الخاصة والمسنين، والعديد من المشروعات الإنسانية الأخرى.
ومن أبرز مشروعات المؤسسة مدينة سلطان بن عبد العزيز للخدمات الإنسانية التي تعد من أكبر مدن التأهيل الطبي في العالم وقد اتسع نشاطها لتهتم بالفئات الأقل حظاً وبذوي الاحتياجات الخاصة, كما أن لها شراكة مع الجمعيات الخيرية ومؤسسات المعاقين ودور الأيتام، ولها تبرعات التزامات سنوية معها وبلغت التكلفة الإنشائية لمدينة سلطان بن عبدالعزيز للخدمات الإنسانية أكثر من مليار ريال سعودي. ولم تقتصر جهود الأمير سلطان الخيرية على الداخل بل تعدت لتشمل المحتاجين في العالم وخاصة في القارة السمراء فأسس لجنة الأمير سلطان بن عبد العزيز الخاصة للإغاثة لتقدم خدمات إنسانية وإغاثية طارئة, فبدأت أعمالها في دولة النيجر عام 1998م ثم امتد عملها لتشاد وأثيوبيا وملاوي وجيبوتي ودول أخرى، وكانت اللجنة تقوم بتسيير القوافل الإغاثية والطبية العامة لمكافحة الأمراض الشائعة، مثل الملاريا والعمى، كما أقامت العديد من المشروعات التنموية والاجتماعية والصحية؛ منها حفر الآبار، وبناء المدارس والمكتبات العامة والمساجد والمستشفيات ومراكز غسيل الكلى. وكان للأمير سلطان لا يتردد في المساهمة بملايين الريالات في جميع حملات التبرعات التي قامت بها السعودية لمساعدة الأشقاء، سواءً في إفريقيا أو باكستان أو الصومال.
كان للأمير سلطان إسهامات في خدمة كتاب الله الكريم من خلال دعمه للمسابقات الخاصة بحفظ القرآن الكريم ومنها جائزة الأمير سلطان الدولية لحفظ القرآن الكريم وجائزة الأمير سلطان الدولية لحفظ القرآن الكريم للعسكريين. وفي مجال البحث العلمي أسس و دعم العديد من الكراسي العلمية والمشروعات البحثية في الداخل والخارج منها كرسي الأمير سلطان بن عبدالعزيز للدراسات الإسلامية المعاصرة بجامعة الملك سعود, والكرسي العلمي للأقليات الإسلامية بجامعة الملك عبد العزيز بجدة, وبرنامج الأمير سلطان بن عبدالعزيز للدراسات العربية والإسلامية في الولاياتالمتحدةالأمريكية لتعليم اللغة العربية والشريعة الإسلامية.
ومن ذلك, إنشاء مدارس روضة الأجيال في فلسطين ودعم المدرسة السعودية للأيتام في باكستان والمشروع الطبي (بكشجري) في باكستان, ومركز معالجة الأمراض السرطانية في المغرب وجامعة الأزهر في مصر, والمركز الإسلامي في اليابان, والمجلس الأعلى للمساجد في ألمانيا, والهيئة العربية العليا في فلسطين و مشروع الموسوعة عن القضية في فلسطين.ودعم مركز سلطان لجراحة المناظير في كوسوفا.
إن الأعمال والمبادرات الخيرية للأمير سلطان بن عبد العزيز يصعب حصرها أو الإلمام بها وذلك لكثرتها وانتشارها في أقطار العالم, وللسرية التي تحيط بها, إضافة إلى ذلك الطبيعة التي عرف بها الأمير سلطان من حب لعمل الخير دون انتظار جزاء أو ثناء. فرحم الله الفقيد وأسكنه فسيح جناته وجعل ما قدم في ميزان حسناته ونفع به المسلمين من بعده .