ذكر تقرير صادر من مبادرة المجتمع المفتوح للعدالة بعنوان ( عولمة التعذيب) أن المخابرات الامريكية نقلت خمس أشخاص مشتبه في علاقتهم بتنظيم القاعدة من ملاوي الى السودان في 2003. وأشار التقرير أن هناك 50 دولة في العالم توفر المساعدات اللوجستية للولايات المتحدة في هذا السياق منذ احداث الحادي عشر من سبتمبر الشهيرة. وتتضمن المساعدات إدارة ال سي آي أيه لسجون سرية في بعض هذه البلدان لاستجواب المشتبه فيهم. فهد الباهلي ( سعودي)، عارف العثمان وابراهيم هباسي (تركيان)، خليفة عابدي حسن (كيني) ومحمود سردار عيسى (سوداني) تم اعتقالهم في ملاوي خلال عملية مشتركة بين ال سي آي أيه وجهاز المخابرات الملاوي وتم ترحيلهم بشكل سري الى زيمبابوي حيث احتجزوا هناك لمدة شهر ومن ثم نقلوا جواً الى السودان حيث تم إطلاق سراحهم هناك ! لعدم وجود أدلة تثبت علاقتهم مع تنظيم القاعدة (صفحة 211 - التقرير). لم يوضح التقرير الفترة التي بقي فيها هؤلاء الخمسة في السودان وما إذا كان جهاز الأمن والمخابرات الوطني السوداني شارك ال سي آي أيه في استجوابهم. لكن التقرير أشار إلى أن الرحلتين الجويتين رقم N313P ورقم N4476S الخاصتين بالعمليات الاستثنائية لل سي آي أيه لتسليم المشتبه بعلاقتهم بتنظيم القاعدة توقفتا في مطار دبروفينيك الكرواتي وكانت إحداهما قادمة من السودان. وقد أكد مدير مطار دبروفينيك السيد تونيك بيوفيك في ابرايل 2006 أن سجل هبوط الطائرات في مطاره مدرجة فيه رحلة قادمة من الخرطوم بالرقم N4476S هبطت في المطار في 23 أبريل 2005 وغادرت منه الى الولاياتالمتحدة في 25 أبريل 2005. في 2010 زعمت صحيفة المانية أن الولاياتالمتحدة تمتلك سجوناً سرية في اكثر من 66 بلداً بما فيها السودان يتم فيها وضع المشتبه في علاقتهم بتنظيم القاعدة واستجوابهم. إلا أن الخرطوم نفت ذلك بشدة حينذاك. هذا وكان التعاون الاستخباراتي بين الولاياتالمتحدة والسودان قد ظهر للعلن في 2005 عندما كشفت صحيفة لوس انجلوس تايمز ارسال ال سي آي أيه طائرة نفاثة للخرطوم لتقل رئيس جهاز الأمن والمخابرات الوطني آنذاك صلاح غوش لإجتماعات في واشنطون. وفي 2007 كشفت ذات الصحيفة ان الحكومة السودانية تعمل بشكل سري مع ال سي آي أيه للتجسس على الثوار العراقيين في العراق بالرغم من العلاقات المتوترة بين البلدين بسبب أزمة دارفور. وفي ذات العام صرح صلاح قوش أن التعاون الاستخباراتي مع الادارة الأمريكية أثمر في منع كارثة كبيرة كانت ستحيق بالسودان. وذكر مسئول أمريكي وثيق الصلة بالتعاون الاستخباراتي ان التقرير مبالغ فيه ولكنه أكد بلوغ التعاون الاستخباراتي ذروته بين البلدين في 2002، و2003، و2004 ضمن خطة مكافحة الإرهاب وهو تعاون أقرب للتعاون الذي يتم في هذا المجال مع الأردن. المفارقة أن التعاون الاستخباراتي بين الولاياتالمتحدة والسودان يتم في الوقت الذي تضع فيه الولاياتالمتحدة السودان في قائمة الدول الراعية للإرهاب منذ 1993، إضافة للعقوبات الاقتصادية منذ 1997، وفرض الحظر على مبيعات السلاح منذ 2003.
