رغم مرور ثلاثة اعوام على توقيعه لإتفاقيان التعاون المشترك بينه ودولة الجنوب إلا أن السودان لا زال يشكو من بطء سير تنفيذ تلك الإتفاقيات من قبل دولة جنوب السودان،وتشير معطيات الواقع أن حزمة التفاهمات بين البلدين لم ينفذ منها سوى تلك الخاصة بتصدير نفط الجنوب عبر ميناء بورتسودان ،يحدث ذلك وصوت المنطق يقول أن علاقات السودان ودولة جنوب السودان نظريا يفترض أن تكون من افضل العلاقات، إلا أن العديد من القضايا لاتزال عالقة بين البلدين.فاتفاقيات التعاون التسع التي وقعها الرئيسان عمر البشير وسلفاكير ميارديت في التاسع من سبتمبر 2012 ، لازالت تراوح مكانها . وظلت الخرطوم طيلة تلك الثلاث سنوات تؤكد حرصها على تنفيذ وتطبيق بنود تلك الاتفاقيات وفي مقدمتها الترتيبات الأمنية بأعتبارها تمثل الطريق لتنفيذ باقي الاتفاقات والتعاون في المجالات الأخرى، حرص الخرطوم شهد عليه رئيس الآلية الأفريقية رفيعة المستوى ثابو أمبيكى، الذي ظل يؤكد في كل لقاء له برئيس الجمهورية حرص الرئيس امر البشير، على تنفيذ اتفاقيات التعاون مع دولة الجنوب على أرض الواقع . والترتيبات الامنية تحيلنا إلى ما أوردته الاتفاقية الأمنية بين جوباوالخرطوم نصا خاطب جزئية مصير حركات دارفور المتمردة. ويشير النص إلى "توقف البلدين عن إيواء ودعم الحركات المسلحة المعارضة لنظام الدولة الأخرى".وبالطبع ما يعنيه النص هنا هي الحركات المتمردة أو ما عرف "بالجبهة الثورية"، وان كان قرار مجلس الأمن رقم 2046 خص بالذكر قضيتي جنوب كردفان والنيل الأزرق التي تمثلها الحركة الشعبية - قطاع الشمال، ولكن النظرة الكلية لحيثيات اتفاق أديس تجعل من القرار الاممي مدخلا لطي الملف الأمني بكامل تداعياته على الصعيد المعني. وقياسا على ارض الواقع فيما ينعلق هذه الجزئية يلحظ المراقب ضلوع حكومة الجنوب في دعم حركات دارفور المسلحة بمختلف فصائلها، فهناك دعم عسكري ومادي كبير تتلقاه الحركات داخل دولة جنوب السودان. وكشفت التقارير أن حكومة الجنوب هيأت مناطق لتدريب الحركات المسلحة في منطقة تبعد 20 كيلو من مدنية بور. و كشفت أدلة ووثائق جديدة تتبع للجيش الشعبي تورط حكومة جنوب السودان وحركات دارفور المتمردة في الاعتداءات الأخيرة للجيش الشعبي على مدينة تلودي وبعض المناطق الأخرى بولاية جنوب كردفان. وتشمل الوثائق مكاتبات رسمية بين الفصائل وكشوفات توزيع القوة وصرفيات الذخائر للفصائل المختلفة التي تتبع للفرقة الرابعة المعروفة ب(دوار) ومقرها بجنوب السودان. وتبين الكشوفات التي تحصل عليها (المركز السوداني للخدمات الصحافية) عليها، مستوى التسليح الذي تستخدمه القوة التي تعتمد على الأسلحة الخفيفة (الكلاشنكوف) بنسبة تقارب (100%)، وهو بحسب تقدير الأجهزة الأمنية تسليح ضعيف للغاية ولا يمكّن هذه الفصائل من إحداث أي فرق على أرض المعركة خاصة في مواجهة العتاد الثقيل والأسلحة المختلفة التي تستخدمها القوات المسلحة. وكشفت الوثائق عن حالة من الفوضى تعيشها هذه الفصائل والتي تظهر في فقدان الكثير من الأسلحة والذخائر الخاصة بالأفراد، حيث فقدت (3412) طلقة من جملة (6923) طلقة، أي ما يعادل نسبة (50%) من مصروف القوة. وقد فقدت فصيلة الرئاسة وحدها أكثر من (35%) من تذخيرها، حيث فقد (13) جندياً من الفصيلة (560) طلقة من جملة (1533 عموماً فإن الوثائق المضبوطة تمثل أدلة دامغة جديدة تدين حكومة دولة جنوب السودان وتثبت تماديها في دعم التمرد بجنوب كردفان، الأمر الذي يعد خرقاً واضحاً للمواثيق الدولية التي تحكم العلاقات بين الدول. فحكومة الجنوب تسعى لاستدراج الحركات المتمردة وإخراجها من الجنوب وأن الخلافات برزت للسطح عقب مقتل المتمرد خليل إبراهيم أن مجموعة مشار ترى تسليم المتمرد عبدالواحد محمد نور ومناوي ومعاونيهم بجانب الحركات الأخرى لحكومة السودان باعتبارهم مجرمي حرب ارتكبوا جرائم بجانب إشاعة الفوضى وعدم الاستقرار، الأمر الذي يعتبر تدخلاً سافراً في شؤون دولة أخرى بجانب خسران مليارات الدولارات من عائدات النفط دون جدوى لذلك الدعم.