طالب رئيس مؤتمر البجا، موسى محمد أحمد، الحكومة بتنفيذ بنود اتفاقية سلام الشرق وما خلصت إليه لجنة تقييم أداء صندوق إعادة بناء وتنمية الشرق، وتمسك بإعادة التحقيق في قضية شهداء بورتسودان يناير 2005م وتعيين مدعٍ عام لها. موسى محمد أحمد مساعد رئيس الجمهورية ورئيس جبهة الشرق يخاطب مؤتمر المانحين لشرق السودان بالكويت 1 ديسمبر 2010 (الفرنسية) وفي سبتمبر من العام 2012 فوّض المؤتمر العام الثالث لحزب مؤتمر البجا، اللجنة المركزية برئاسة "موسى محمد أحمد" باتخاذ قرار الانسحاب من الحكومة وإنهاء المشاركة في السلطة حال عدم التزام الحكومة بإنفاذ ما تبقى من بنود اتفاق سلام شرق السودان، كما طالب المؤتمر بتعيين مدعٍ عام وطني للتحقيق في أحداث (29) يناير ببورتسودان للوصول للحقيقة وإنصاف للشهداء، وهو ما لم يحدث حتى الآن. وحث موسى الذي يشغل أيضا منصب مساعد الرئيس، لدى مخاطبته، السبت، الجلسة الإفتتاحية للجنة المركزية لمؤتمر البجا المؤتمر الوطني الحاكم على التخلي عن سياسة الإقصاء، وتطمين الأطراف بجدية الحوار والالتزام الكامل بتنفيذ مخرجاته، كما دعا المعارضة الى الالتزام بنتائج الحوار والتخلي عن خيار إسقاط النظام . وقال أن حل أزمة البلاد رهين بتوافر الإرادة السياسية وتعاون جميع الأطراف على حوار وطني شامل وشفاف وأمين من منظور قومي لا يستثني أحداً. وأشار الى حاجة السياسات الإقتصادية الى مراجعة عميقة، والعمل على محاربة الفساد، والتعامل بشفافية في إدارة المال العام، وكافة الموارد. كما رهن إنجاح عملية الحوار الوطني والوصول إلى توافق سياسي، بإحداث إصلاح شامل ومصالح شاملة وتنازلات من جميع الأطراف. ودعا الحكومة والمعارضة لتقديم تنازلات لأجل المصلحة العامة. ورأى أن تجاوز التحديات التي تواجه البلاد يكمن في تطبيق معايير الحكم الرشيد. ودعا للعمل على وقف الحرب في دارفور والمنطقتين، واعتماد العمل السلمي والنأي عن الحلول الأمنية، مع ضرورة مراجعة منهجية التفاوض الثنائي وتوحيد المنابر، وصولاً إلى حل سياسي متفق عليه، يفضي إلى سلام ويؤدي إلى التحاق الحركات المسلحة بالوفاق الوطني. وإنتقد رئيس مؤتمر البجا، إتساع رقعة الصراعات القبلية، وقال "لا يكاد يمر يوم إلا وتحمل الأخبار أحداث نزاع قبلي خلف عشرات القتلى إن لم يكن المئات من القتلى والجرحى والنازحين".
