الخرطوم 5 مايو 2017 برزت خلافات حادة داخل حزب المؤتمر الشعبي بسبب قرار المشاركة في السلطة عقب إسقاط البرلمان لتعديلات دستورية متعلقة بالحريات، وتبدى ذلك في استقالة قيادات وعزوفهم عن تقلد مناصب في الحكومة المرتقبة. الأمين السياسي لحزب المؤتمر الشعبي كمال عمر في مؤتمر صحفي بالخرطوم الإثنين 4 أبريل 2016 (سودان تربيون) وتقدم الأمين السياسي للمؤتمر الشعبي كمال عمر، باستقالته من موقعه التنظيمي وكذا عضوية البرلمان التي رشحه إليها الحزب ضمن حصته في حكومة الوفاق الوطني المنتظر تشكيلها، احتجاجا على المشاركة في السلطة بعد رفض البرلمان تمرير التعديلات الدستورية المتعلقة بالحريات كما وصلته من رئاسة الجمهورية باعتبارها اتفاقا سياسيا بين قوى الحوار. وأعلن المؤتمر الشعبي الأربعاء الماضي قرار مشاركته رسمياً في حكومة ما بعد الحوار المنتظر إعلانها، حيث منح عشرة مقاعد على المستوى التنفيذي والتشريعي. وقال كمال عمر ل (سودان تربيون) الجمعة، إنه اعتذر عن المشاركة في البرلمان كما رشحه الحزب لجهة أن قرار المشاركة لا يتسق مع موقف الحزب من الحريات كما لا يتسق مع موقفه الشخصي المنادي بالحريات. وأضاف "موقفي وموقف المؤتمر الشعبي منحاز لمنهج شيخ حسن (الترابي) إمام الحريات.. لن أخون الشعبي ومبادئه لذلك طلبت قبول استقالتي، لن أشارك في أي موقع تنظيمي أو حكومي وموقفي يعبر عن موقف الحزب". وكان الحزب قد رهن في وقت سابق قرار مشاركته في حكومة ما بعد الحوار بإجازة ملحق التعديلات الدستورية المتعلقة بالحريات باعتبارها اتفاقاً سياسياً بين قوى الحوار لا يحق للبرلمان الحذف أو الإضافة فيها. وعلمت (سودان تربيون) أن شرف الدين بانقا، الذي رشحه المؤتمر الشعبي لعضوية البرلمان اعتذر بدوره عن قبول الترشيح، وطبقاً للمصادر فإن بانقا اعتذر لقيادة حزبه عن قبول التكليف قبل إعلان المرشحين، بحجة أنه لا يرى نفسه مفيداً في البرلمان لجهة أنه تنفيذي بحكم تجربته، حيث عمل وزيرا قبل مفاصلة الإسلاميين في 1999. وحول إمكانية وقوع انشقاق بالمؤتمر الشعبي بعد توالي الاستقالات والعزوف عن المناصب استبعد كمال عمر ذلك، موضحا أن الحزب متماسك. وأضاف "لا يصح إلا الصح نحن نطالب بتصحيح وضع معلول، نطالب بتصحيح مسار الشعبي.. الآن الحزب ليس به مؤسسات فقط لديه أمين عام يتحكم في كل قرارات الحزب".