إحتجت الحكومة السودانية رسميا على تصريحات أطلقها الرئيس اليوغندي يوري موسفيني شكك فيها بحياد الخرطوم تجاه الأزمة الناشبة بين الفرقاء في دولة جنوب السودلن وإتهامه بالتخطيط لسرقة ثروات الجنوبيين. الرئيس الأوغندي لدى وصوله مطار جوبا الاثنين 30 ديسمبر 2013 وفي استقباله نائب رئيس جنوب السودان جميس واني ايقا (AP) وإستدعت وزارة الخارجية السودانية الخميس ، القائم بالأعمال اليوغندي في الخرطوم، وأبلغته رفض الحكومة لما اعتبرته تصريحات سالبة صدرت عن الرئيس موسفيني، خلال إجتماعه بقيادات من جنوب السودان، و جاء فيها أن الخرطوم تحتفل بإستمرار القتال بين مواطني جنوب السودان، وأنها ترغب في نهب ثروة الجنوبيين. وقال الوزير المفوض مدير إدارة دول الجوار بالإنابة بخاري الأفندي، أن السودان لايحتاج إلي أدلة لتوضيح موقفه من إستقرار الأوضاع في جنوب السودان. ونوه الى أن المساعي السودانية الرسمية والشعبية التي تمثلت في إستقبال مواطني جنوب السودان وتوجيهات رئيس الجمهورية بمعاملة مواطن جنوب السودان كمواطن سوداني وليس كلاجئ، تؤكد حرص السودان التام على التوصل إلى تسوية سياسية تحقق السلام الشامل في جنوب السودان، في إطار مبادرة الإيقاد . وأضاف "كل ذلك يدحض أي محاولات لذرع بذور الفتنة بين السودان ودولة جنوب السودان ". ونفت الحكومة السودانية مرارا تدخلها في الأزمة الناشبة بين الفرقاء بدولة جنوب السودان . وأشار المتحدث باسم الجيش السوداني الصوارمي خالد سعد في تصريحا له بالرابع من نوفمبر الجاري إلى أن دولة جنوب السودان تستعين بطائرات أوغندية لضرب المتمردين قبالة الحدود المشتركة معها، لافتا إلى أنه تم رصد أعداد كبيرة من الطائرات الأوغندية بأراضي دولة الجنوب. وأكد الصوارمي، حرص الجيش السوداني على الأمن والاستقرار في المنطقة الحدودية، والتزامه التام بالاتفاقيات الأمنية والعسكرية المبرمة مع جوبا، وعدم تدخله في الصراع الدائر الآن في دولة جنوب السودان. وكانت تصريحات الناطق باسم الجيش السوداني، ردا على تصريحات مفوض مدينة "راجا" بغرب ولاية بحر الغزال بدولة جنوب السودان حسن جلاب، اتهم فيها الجيش السوداني بقتل 35 مدنيا وجرح 17 آخرين في المدينة، وقال إن طائرة تابعة للجيش السوداني قصفت المدينة.
