بعد ثورة 25 اشتبك مع ملف الإخوان المسلمين وقام بتجميع معلومات عن قياداتهم مصدر أمني: شهادة مبروك كانت ستؤدي إلى إعدام مرسي المقدم محمد مبروك العربية.نت كشف مصدر أمني، رفض ذكر اسمه، أن المقدم محمد مبروك، ضابط الأمن الوطني، الذي تم اغتياله أمس الأحد بمدينة نصر، كان يستخدم اسم "الحاج عامر" كاسم حركي حتى في المحاضر الرسمية، إلا أنه رفض استخدام الاسم الحركي في قضية التخابر المتهم فيها الرئيس السابق محمد مرسي، والتي أعد محضرها باسمه. ونقلت "بوابة الأهرام" عن المصدر قوله: "هذا المحضر يضم في 35 ورقة شاملة كل أشكال الإدانة للرئيس السابق"، مؤكداً أن محضر مبروك كفيل بأن يتسبب لمرسي في الإعدام شنقاً، بوصفه الشاهد الأول في القضية". يذكر أن مبروك كان قد انضم إلى جهاز مباحث أمن الدولة، الأمن الوطني حالياً، قبل نحو 15 عاماً، حيث كان برتبة ملازم أول في 1997، فبعد اغتيال اللواء رؤوف خيرت، مسؤول الملف التكفيري أو الملف المتطرف كما يعرف بجهاز مباحث أمن الدولة منتصف التسعينيات، رفض العديد من اللواءات بجهاز مباحث أمن الدولة تولي مسؤولية الملف الديني، وذلك لكون عناصر الجهاز العاملة في هذا الملف تخوض حرباً ضروساً ضد العناصر الجهادية بتنظيم الجهاد والجماعة الإسلامية. وبعد شهرين تقريباً من وفاة اللواء خيرت، تصدى للمهمة اللواء أحمد رأفت، أو الحاج مصطفى رفعت، وكان حينها برتبة عقيد، وقد مات أحمد رأفت بمكتبه في عام 2007. حرب ضد العناصر الجهادية كان الحاج مصطفى رفعت قد خاض حرباً ضد العناصر الجهادية التابعة للجماعة الإسلامية، ووضع سياسة عمل جديدة اعتمدت في الأساس على ضم عناصر شابة صغيرة السن من الشرطة ليتشكل ما يعرف بأبناء أمن الدولة، لديهم من القدرات الكفيلة على مواجهة المتطرفين. وكان من بين العناصر التي انتقاها رفعت كما يقال الملازم أول محمد مبروك (الحاج عامر)، وبعد ضم مبروك للجهاز قام رفعت بتدريبه لمدة عام كامل، ليكون أحد ضباط مكافحة الإرهاب الذين يشار إليهم بالبنان، حيث حصل المقدم محمد مبروك على ما يزيد على 10 دورات تدريبية في مجال مكافحة الإرهاب. ومع قيام نقيب الصحافيين الأسبق، مكرم محمد أحمد، بطرح مبادرة المراجعات الفكرية التقطها الحاج مصطفى رفعت، وبدأ يقوم بزيارات مكوكية للسجون، كما قام بإحضار العديد من العناصر الجهادية للجهاز، وشرع في التفاوض معهم لإنجاز عملية المراجعات. كان من أهم العناصر التي عاونت الحاج مصطفى رفعت أو اللواء أحمد رأفت، النقيب محمد مبروك، حيث دخل في حوارات وبدأ يقوم بإحضار شيوخ الأزهر لمناقشة ومحاورة العناصر الجهادية. وخلال هذه الأثناء طلب مبروك من أبيه الروحي الحاج مصطفى رفعت أن يحصل على دورة متقدمة في الفقه الديني لتجنب أي تأثير قد يتعرض له من الآراء الفقهية الدينية المتطرفة. ملاحقة الجهاديين بسيناء ومع انتقال العمليات الإرهابية من الصعيد والدلتا إلى سيناء، كان مبروك من العناصر التي شاركت في ملاحقة الجهاديين في سيناء بفاعلية رغم رفض قياداته نقله ليكون أحد المسؤولين عن الملف المتطرف التكفيري بسيناء لاحتياج الإدارة له بالقاهرة. وبعد ثورة 25 يناير، بدأ مبروك يشتبك مع الملف الإخواني، وذلك لكون الملف الإسلامي بدا وكأنه كتلة واحدة، حيث قام بتجميع معلومات عن قيادات الإخوان. ووفقاً لمصدر سابق بجهاز الأمن الوطني، فإنه بعد وصول الرئيس السابق محمد مرسي إلى سدة الحكم كان مبروك من العناصر التي طلب إخراجها من الجهاز، إلا أن ما حال دون تحقيق ذلك مشاركة مبروك الفعالة في قضية "خلية مدينة نصر". ونقلت "بوابة الأهرام" عن مصدر أمني قوله: "تحجج اللواء أحمد جمال الدين بأنه لا يمكن استبعاده لكونه أحد الذين دوّن محاضر قضية خلية مدينة نصر، وأن القضاء لا بد أنه سيستمع لشهادته وهو بالخدمة.
