اشتكى مركز القلب بود مدني من جملة إشكالات تواجه المركز أبرزها تمويل عمليات القلب باهظة التكاليف، وفيما أكد المركز أنه يوفر على البلاد تكاليف كبيرة تُدفع في العلاج بالخارج ناشد الخيرين المساهمة في دفع تكاليف العمليات مشيرًا إلى أن أغلب المرضى من ذوي الدخل المحدود، وفيما وعد البرلمان بالتدخل للضغط على ديوان الزكاة الاتحادي للمساهمة في التمويل طالب الولايات المحيطة بالجزيرة بتحديد مبلغ شهري للمركز باعتبار أن عددًا من المرضى وافدون من ولايات مجاورة، فيما تبلغ عدد حالات الانتظار لعمليات القلب بالمركز «123» حالة، الأمر الذي جعل رئيس لجنة الشؤون الاجتماعية بالبرلمان محمد أحمد الفضل يتساءل عن أموال توطين العلاج بالداخل قائلاً: «دايرين نشوف ميزانية العلاج بالداخل مشت وين؟». وقال مدير مركز مدني لأمراض وجراحة القلب د. عبد الله الأمين لوفد لجنة الشؤون الاجتماعية الزائر للمركز قال إنه إذا دعمت الحكومة الخدمات العلاجية بالمركز لن يحتاج أي مريض للسفر إلى الخارج لتلقي العلاج الذي يتوفر في المركز عبر أفضل الإمكانات والكوادر البشرية، وقال إن المركز من أكبر المراكز الإقليمية في إفريقيا، بيد أن الإمكانات هي التي تحدُّ من عمله مشيرًا لوجود «3» جراحين، وأشار إلى أن العمليات التي يقوم بها المركز هي الأرخص في كل السودان. وأشار إلى أن حكومة الولاية لن تقدر وحدها على دعم المركز، واستغرب عبد الله امتناع الزكاة الاتحادية عن دعم المركز على الرغم من قوميته.. من جهته أشار وزير الصحة بالجزيرة د. الفاتح محمد لوجود أربعة تحديات واجهت مركز القلب أهمها تسليم وتسلم المركز، واستبقاء الكوادر بالمركز، وأشار إلى تعاقدهم مع عدد من الكوادر المصرية لسد النقص، وألمح لإمكان الاستعانة بجرّاحين باكستانيين وهنود لسد النقص. وفي ذات السياق تساءل رئيس لجنة الشؤون الاجتماعية محمد أحمد الفضل عن أموال توطين العلاج بالداخل، وطالب ديوان الزكاة بدعم المركز، وقال للديوان: «الأموال البتدفقوا فيها في حوض الرملة أخير تودوها للجهات المستحقة»، واتهم الديوان بتبديد أموال الفقراء والمساكين وقال: «ما قاعدة تمشي في قنواتها».