قالت حركة/ جيش تحرير السودان- المجلس الانتقالي إنّ الحديث عن إلغاء اتفاق جوبا هو بمثابة دعوة صريحة للعودة إلى المربع الأول (الحرب)، حيثُ يكمن مستقبل السودان ووحدته في تنفيذ اتفاق جوبا لسلام السودان. وقالت في بيان صادر عن الأمانة السياسية للحركة، إنّ عملية إعادة هيكلة وتحديث وتطوير المنظومة العسكرية والأمنية وملف العدالة الانتقالية والمؤتمر الدستوري وقضية الأرض ومؤتمر الحكم والإدارة من أهم القضايا التي تُحدِّد بقاء الدولة السودانية واستقرارها في مُحيطها المحلي والإقليمي والدولي. وأشارت إلى أنّ ما حدث في مواكب 17 يناير انتهاكٌ صريحٌ للحقوق المدنية والحريات الأساسية، مُؤكِّدةً رفضها لما وصفته بسلوك القمع وقتل المتظاهرين السلميين من قِبل السلطة غير الدستورية. وقالت: نجدد التزامنا وتمسُّكنا الكامل بوثيقة اتفاق جوبا لسلام السودان، لأن تغيير الأنظمة لا يعني بالضرورة إلغاء الاتفاقيات والالتزامات المتعلقة بالدولة وليست مرتبطة بالأفراد. وأشارت في بيانها إلى أنّ الاستمرار في حالة انسداد الأُفق والتصلُّب في المواقف سيؤدي إلى انهيار الدولة.
