تعتبر فضيحة «الحبوب» التي يطلق عليها فضيحة «الجنوب واحد» من بين أكبر فضائح الفساد في الدولة الوليدة وذلك أنه عندما بلغت أزمة نقص الغذاء ذروتها أمرت وزارة المالية بشراء الحبوب لجميع ولايات الجنوب العشر حتى تتمكن الحكومة من بيع الحبوب بأسعار مدعومة للمواطنين إلا أن تحقيقاً لاحقاً كشف أن وزارة المالية قد وزعت عقوداً بقيمة 6.2 مليار جنيه سوداني ما يعادل 2.7 مليار دولار إلى أكثر من 700 مقاول هذا باعتبار ان الموازنة السنوية الكاملة لجنوب السودان 2 مليار دولار أمريكي ولم يتم دفع سوى 200 مليون دولار فقط لشراء الحبوب، كما أن التحقيق لم يكشف بعد هوية المقاولين الذين تسلموا ال 200 مليون دولار، ولاتزال هناك مطالبات من قبل هؤلاء المتعاقدين بأموالهم بالرغم من أن معظمهم لا يملكون شركات مقاولة أو رأس مال كاف او حتى معدات لنقل الحبوب للجنوب، الأمر الذي أجبر وزير المالية ديفيد دينق للاعتراف بأن بعض الموظفين في الوزارة متورطون في هذا الفساد ولا تعتبر هذه الحالة قضية فساد فحسب بل ايضا تدرج في قائمة سوء الإدارة والتصرف في المال العام، فعمدت وزارة المالية الى عرقلة المدفوعات ريثما الانتهاء من التحقيق. وفي العام 2007م تم اكتشاف محمية نادرة للحيوانات البرية على طول شريط السافنا بجنوب السودان في وقت خشى المهتمون بقضايا البيئة ان تكون الحرب الأهلية قد دمرت الحياة البرية تماما وبالرغم من أن هذا الكنز يعتبر ملكاً لشعب جنوب السودان الا ان العالم تفاجأ بتأجير هذه المحمية للشركة الصينية الوطنية للحياة البرية التابعة للإمارات العربية المتحدة ويسمح العقد للشركة ببناء فنادق عالمية ومخيمات للسواح بعد أن منحت حكومة الجنوب بنسبة35% فقط من حصة المشروع. وقد تمت الصفقة دون اشراك سكان المنطقة المتأثرين بالمشروع ولم تقم الحكومة بإجراء دراسة وافية للمشروع وأبعاده على المدى الطويل والقصير على البيئة والتنوع الاحيائي بالمنطقة. تأجير بايام لشركة نرويجية: قررت حكومة ولاية الاستوائية الوسطى تأجير 179 الف هكتار من الأراضي في ترنيدولو بايام في مقاطعة تركاكا لشركة توي فارم سودان ليمتد وهي شركة نرويجية تنوي الحصول على كامل اراضي ترنيدلو بايام على ان تترك قطعة أرض صغيرة لسكان المنطقة وتعتزم الشركة استخدام الارض لزراعة الغابات الخشبية وحاجات للائتمان الكربوني.. وقد تفاوضت وزارة الزراعة والغابات نيابة عن الدولة في تأمين هذه الصفقة ليظهر على الفور لمصلحة من تم تمريرها بعد ان كشف لا حقا ان موظفاً كبيراً بالوزارة اصبح مديرًا لثري فارم بلانتيشن سودان، حيث إن المدير العام للمياه والغابات عضو مجلس الشركة بجانب هذه التناقضات يجري التفاوض على الصفقة في ظل خلفية إطار قانوني غامض حيث لا تنعكس معظم احكام التشريعات الخاص بقانون الارض على الاتفاق لأن المفاوضات بدأت قبل ذلك بكثير. ويبدو ان جرائم الفساد وسط ادارة الموارد قد أثار حفيظة الدول المانحة والداعمة للتنمية بجنوب السودان في وقت هددت فيه مجموعة الدول المشتركة حكومة الجنوب بقطع مساعدتها حال تم صرفها على مجالات ذات صلة بالفساد. وقال تقرير نشرته صحيفة ديلي مونتير مؤخرا ان عددا كبيرا من السياسيين بالجنوب يقومون باحتيال منظم بالتضامن مع نظرائهم في الحكومة الاوغندية على الدولة الوليدة من خلال التلاعب في اموال التعويضات الخاصة بالتجار الذين فقدوا تجارتهم بسبب اعمال العنف الاخيرة او من خلال تزوير اذونات صرف لمواد غذائية لم تشحن من اوغندا للجنوب اصلا. وأشارت التقارير الى أن أعداداً كبيرة من السياسيين والتنفيذيين بالجنوب يقومون بايداع اموالهم في بنوك استراليا واوروبا والعواصم الافريقية في وقت يتضور فيه شعب الجنوب جوعاً، ووفقاً لتقارير نشرتها منظمات انسانية عاملة بالجنوب فان من يمتلك جزاءين في الجنوب يعتبر من الاثرياء وان الأمية وتدني الرعاية الصحية قد وصلت نسباً مخيفة ليس لها مثيل في العالم بعد ان صنف جنوب السودان كأفقر دولة في العالم. وتتوالى قضايا الفساد وملحقاتها تباعاً بعد أن أعفى الرئيس سلفاكير ميارديت وكيلة الوزارة بوزارة التعاون الاقليمي من منصبها دون أسباب واضحة وادعت الوزارة ان الإعفاء جاء لعدم تعاون الأخيرة مع الوزراء في الوزارة غير ان تقارير مثبتة أعلنتها (سودان تربيون) بان الإعفاء جاء نتيجة للصراع داخل الوزارة بين سلوى ووزيرين بحكومة الجنوب ضغطا على سلفاكير لإعفائها وذلك ان الوزارة التي يرأسها دينق الور عجزت عن توضيح مصير 800 الف دولار اختفت من أموال المانحين المخصصة للاستفتاء.
