اول اشكالات الخصخصة فى السودان عدم وجود استراتيجية خصخصة مصادق عليها من مجلس الوزراء او اعلى سلطة فى الدولة والتي بمثابة خارطة طريق لبرنامج الخصخصة فى الدولة والتي تتضمن قائمة المؤسسات الحكومية المستهدفة بالخصخصة ونوع الخصخصة لكل منهما وطرق التقييم. وفيما يخص خصخصة الموانئ هنالك العديد من التعقيدات الخاصة بها نسبة لأهمية وضرورة تطويرها وفي نفس الوقت حساسية الموقف للأمن الوطني وعلى العمالة العاملة فيها باعتبار الموانئ التقليدية دائما كثيفة العمالة غير المدربة او غير ماهرة. هنالك نوعان من الخصخصة ذات صلة بالموانئ، خصخصة الأصول وخصخصة الخدمات. طبعا خصخصة الخدمات تناسب الموانئ التى تتوفر فيها بنية تحتية متكاملة ولكن محتاجة فقط تطوير الخدمات ولكن عندما يكون الهدف تطوير البنية التحتية لابد من بناء بنية تحتية ملائمة وفي الغالب تكون مكلفة للدولة وحدها ولذلك لابد من ادخال شريك استراتيجي وهنا نعني مستثمرا محليا او أجنبيا او كونسورتيوم ذا امكانيات كبيرة ويمتلك الخبرة والمعرفة السابقة في مجال الموانئ. طبعا جذب مستثمرين اجانب للموانئ السودانية في وضعها الراهن فيه تحد كبير خاصة في غياب استراتيجية الخصخصة التي بمثابة العلاقة القانونية التي تحكم الطرفين، الحكومة والمستثمر، هذا بالإضافة إلى تعقيدات المجتمع المحلى بما فيها الادارات الاهلية وبعض الاحزاب السياسية التي تزايد وترفض مبدأ الخصخصة. ولذلك لتجاوز تحديات جذب مستثمرين اجانب ذوي مصداقية اقترح ربط خصخصة الموانئ بالاستثمار في المعادن كالذهب كخيار اضافي يمكن من خلاله اقناع كبرى شركات التعدين للدخول في الموانئ إن رغبت ذلك وهذا طبعا يتطلب تحديد مواقع ذهب او مربعات واعدة ضمن اعلان الخصخصة. وفيما يخص مشكلة العمالة هنالك تجارب يمكن الاستفادة منها على سبيل المثال خصخصة الموانئ الفليبينية وموانئ باكستان حيث تضمن عطاء الخصخصة فى كل من هذين البلدين على الزام الشركة او المستثمر الذي يقع عليه الاختيار بدفع مرتبات نسبة محددة متفق عليها من عدد العمال لفترة تتراوح من ثلاثة اشهر الى ستة اشهر هذا بالاضافة لتغطية تكلفة تدريب العمالة على اكتساب مهارات اساسية مثل قيادات السيارات والميكنة وغير ذلك من المهن الاساسية التى تتطلب تدريبا قصير الأمد. في بعض الدول كدول شرق اوروبا تمت هذه المهام مناصفة بين الدولة والمستثمر.