حافظت جامعة الخرطوم على مركزها المتقدم في التصنيف الذي تقوم به المؤسسة ويبومتركس للجامعات العالمية the webomtrics ranking of world universtities حيث جاءت جامعة الخرطوم الأولى على مستوى الجامعات السودانية، والحادية عشر على مستوى الجامعات العربية، والثالثة عشر على مستوي الجامعات الإفريقية.. وقد قامت المؤسسة بتصنيف أفضل الجامعات من بين «20.000 في كل أنحاء العالم .. ويتم التصنيف بناءً على أداء الجامعة الأكاديمي والبحث العلمي في النشر العلمي في المجالات العلمية المحكمة والنشاطات الأكاديمية والإدارية المختلفة والمتمثلة في موقع الجامعة الإلكتروني كما يعتمد التصنيف على حجم الجامعة وشهرتها العالمية، ويقسم التصنيف الجامعات حسب موقعها في القارات والمناطق الجغرافية.. وفي آخر تصنيف للمؤسسة الذي ضم ستمائة جامعة عربية جاءت جامعة الخرطوم في المرتبة الحادية عشر من بين ثلاثمائة وثمانية وتسعين جامعة إفريقية جاءت الجامعة في المرتبة الثانية عشر، كما حافظت جامعة الخرطوم على موقعها بين أفضل مائة جامعة في المنطقتين العربية والإفريقية خلال الخمس سنوات الماضية. وتعتبر نتيجة آخر تصنيف للعام 2012م إنجازاً كبيراً مقدراً يشير إلى التطور الكمي والنوعي للجامعة، حيث كان ترتيب الجامعة في يوليو عام 2011م 22 عربياً و18 إفريقياً، لذلك فإن النتيجة الآخيرة تُظهر تميز جامعة الخرطوم في البحث العلمي على المستويين الداخلي والعربي والإفريقي.
