أثارت السياسة التنفيذية لوزارة التعليم العالي والبحث العلمي لمكافحة الإيدز بمؤسسات التعليم العالي جدلاً واسعاً بين أساتذة الجامعات وعمداء شئون الطلاب المشاركون في ورشة المصادقة على السياسة الجديدة، في وقت كشفت فيه آخر المسوحات الصحية عن إرتفاع نسبة الإصابة بالإيدز وسط طلاب الجامعات الى 1% في وقت أكد فيه البرنامج القومي لمكافحة الإيدز تسجيل 20 ألف حالة إصابة وسط الفئات المختلفة بالمجتمع . محذراً من تزايد المرض بمتوالية هندسية مما يتطلب الحد من إنتشاره، وشدد المشاركون في البرنامج الممول من الحكومة اليابانية بالمصادقة على الخطة والسياسة التنفيذية لوزارة التعليم العالي وشددوا على المطالبة بتكوين لجنة من الخبراء لمراجعة الوثيقة قبل رفعها للأمم المتحدة لوجود أشياء مسيئة للمجتمع واتفق بعض المشاركون على إلزامية الفحص للطلاب المتقدمين للجامعات وضبط المظهر العام للطالبات وإجراء تعديلات للمقررات الدراسية وإدخال مكافحة الإيدز ضمن مطلوبات الجامعة.