بدأ القيادي بحزب المؤتمر الوطني بولاية النيل الأزرق باكاش طلحة إبراهيم، حملته الانتخابية بعد أن أعلن نفسه مرشحاً مستقلاً لمنصب الوالي بالولاية، وقال باكاش الذي أعلن خروجه عن خيار حزبه، إن قواعد الحزب تدعم ترشحه. وكان المؤتمر الوطني اختار أحمد كرمنو مرشحاً لمنصب والي ولاية النيل الأزرق عن الحزب، لكن باكاش انتقد الطريقة التي اختار بها الحزب مرشحه. وقال باكاش في تصريحات للشروق اليوم السبت إن "القاعدة العريضة بالحزب في ولاية النيل الأزرق طلبت مني الترشح لمنصب الوالي لعدم رضائها عن قيادة الحزب بالولاية". وأضاف أن قطاعات المزارعين والمرأة والشباب في الولاية تدعمه في الترشح لمنصب الوالي وأنه لن يتنازل. تقليل من الخلافات من جهة ثانية، قلل المؤتمر الوطني من ردود الفعل داخل أروقة الحزب بشأن ترشيح بعض الولاة. وقال المتحدث باسم الحزب فتحي شيلا لقناة الشروق، إن الحزب يعتبر ردود الفعل أمراً طبيعياً لإفرازات الممارسة الديمقراطية. وأضاف شيلا: "بعض الإفرازات نتيجة طبيعية لأن الممارسة الديمقراطية جديدة، حيث اعتاد الناس على التعيين ولاحظنا أن كل الاحتجاجات لا ترقى لمستوى الخلاف الذي يؤدي إلى شق الصف داخل الوطني". وقال: "لم نكن نستبعد أن تعترض هذه التجربة صعوبات، لكن بتقييم النتائج نجد أنها ناجحة". وشدد الناطق باسم المؤتمر الوطني على أنه تم احتواء بعض الآراء التي لم تنسجم ولم تستطع أن تتعامل مع المستجدات الجديدة".