أصدر رئيس الجمهورية المشير عمر البشير، قراراً بتشكيل مجلس أمناء مستشفى سرطان الأطفال برئاسة نائب رئيس الجمهورية، والأمين العام لرئاسة الجمهورية عضواً ومقرراً، وعضوية وزراء: الخارجية، والمالية والتخطيط الاقتصادي، والضمان والتنمية الاجتماعية، والصحة القومي. ويضم المجلس أيضاً، وفقاً لوكالة السودان للأنباء، وزير الصحة ولاية الخرطوم. وتشمل اختصاصات المجلس التواصل مع الحكومة الصينية للحصول على المنحة المقدمة منها وتخصيص ما يوازي كلفة المبنى من المبلغ، فضلاً عن المساعدة في النهوض بالمستشفى والعمل على تمكينها من أداء مهامها، على أن يرفع المجلس تقريراً شهرياً لرئيس الجمهورية.