حددت الوثيقة الدستورية للفترة الانتقالية لسنة 2019 م، اختصاصات مجلس السيادة وسلطاته. وتتمثل سلطات واختصاصات مجلس السيادة وفقاً للوثيقة في تعيين رئيس مجلس الوزراء الذي تختاره قوى الحرية والتغيير، واعتماد اعضاء مجلس الوزراء الذين يعينهم رئيس مجلس الوزراء من قائمة قوى إعلان الحرية والتغيير، إلى جانب اعتماد حكام الأقاليم أو ولاة الولايات، وفق ما يكون عليه الحال، بعد تعيينهم من رئيس مجلس الوزراء. وشملت اختصاصات وسلطات مجلس السيادة (حسب سونا) وفقاً للمادة (11) من الوثيقة الدستورية، اعتماد تعيين أعضاء المجلس التشريعي الانتقالي بعد اختيارهم وفق أحكام المادة (23)، الفقرة (3) من الوثيقة والتي نصت على أن يكون المجلس التشريعي الانتقالي بنسبة 67%، ممن تختارهم قوى إعلان الحرية والتغيير وبنسبة 33% للقوى الأخرى غير الموقعة على أعلان الحرية والتغيير والتي يتم تسميتها وتحديد نسب مشاركة كل منها بالتشاور بين قوى إعلان الحرية والتغيير والاعضاء العسكريين في مجلس السيادة. وتشمل سلطات مجلس السيادة ايضاً، اعتماد تشكيل مجلس القضاء العالي بعد تشكيلة وفق القانون، واعتماد تعيين رئيس القضاء وقضاة المحكمة العليا ورئيس واعضاء المحكمة الدستورية بعد ترشيحهم من قبل مجلس القضاء العالي، الي جانب اعتماد تعيين النائب العام بعد اختياره من قبل مجلس الوزراء، فضلاً عن اعتماد سفراء السودان في الخارج بترشيح من مجلس الوزراء وقبول واعتماد السفراء الأجانب لدى السودان.
