تعالت الأصوات من بعض قيادات الكفاح المسلح الموقعة على اتفاقية جوبا ما بين الحكومة الانتقالية والجبهة الثورية على عدم جدية الحكومة في تنفيذ ملف الترتيبات الأمنية على أرض الواقع، مما يمثل ذلك أكبر المهددات التي ستسهم بدور كبير في زعزعة الثقة بين الطرفين. ملف الترتيبات الأمنية شيطان الاتفاقيات وسبب انهيارها، ومن خلال المتابعة اللصيقة لكل الاتفاقيات السابقة التي تم توقيعها بين الحكومة والحركات المسلحة يمثل عدم تنفيذ ملف الترتيبات الأمنية القشة التي قصمت ظهر البعير ومما يتسبب ذلك إلى عودة غالبية الحركات المسلحة إلى مربع الحرب متهمة الحكومة بعدم الجدية. ومن الأسباب الرئيسية لعدم تنفيذ ملف الترتيبات الأمنية على أرض الواقع الظروف الاقتصاديه الحرجة جداً التي تمر بها ميزانية الدولة والتي عجزت تمامًا عن توفير الاعتمادات الماليه اللازمة لهذا الغرض. لا يمكن بأي حال من الأحوال أن تلتزم الحكومة بتوفير المال اللازم لتنفيذ الاتفاق في هذا التوقيت تحديداً مما يتطلب ذلك جهدا متعاظماً من قبل دولة جنوب السودان راعية الاتفاق في إقناع المانحين والداعمين من قبل الشركاء الدوليين في الإيفاء بالتزاماتهم التي قطعوها من قبل بتوفير الدعم الفني والمالي لتنفيذ بنود الاتفاق وبالرغم من حداثة تجربة دولة جنوب السودان في رعاية المفاوضات إلا أنها لم تتمكن حتى الآن من استجلاب الدعم المالي بالرغم من مرور حوالى 7 أشهور منذ توقيع اتفاقية جوبا. وفقاً لتوضيحات صدرت من قبل المستشار الإعلامي للقائد العام لقوات الشعب المسلحة ورئيس مجلس السيادة العميد الركن الطاهر أبوهاجة أكد من خلالها التزام الحكومة بتنفيذ ملف الترتيبات الأمنية والتي تحتاج إلى جهد متعاظم من قبل الطرفين من أجل إنفاذه على أرض الواقع، وأشار أبوهاجة إلى أهمية عدم إثارة هذا الأمر في وسائل الإعلام وذلك لحساسية الملف والنأي عن لغة التخوين وتبادل الاتهامات، وأكد أبوهاجة على تكوين اللجان المتخصصة والمشتركة بعضوية حركات الكفاح وباشرت هذه اللجان عملها وتعمل بتناغم وانسجام، إلا أن حساسية الملف وتعقيداته تحتاج إلى بعض الوقت. فيما حذر قائد قوات الحركة الشعبية فصيل جنوب كردفان الفريق البلولة حمد عبد الباقي من خطورة التباطؤ والتلكؤ في تنفيذ ملف الترتيبات الأمنية والذي يعتبر القنبلة الموقوتة القابلة للانفجار في أي لحظة وعلى رؤوس الجميع وجدد البلولة من خطورة تواجد قوات الحركات المسلحة داخل الخرطوم والمدن الرئيسية وقطعاً يشكل ذلك خطورة على الجميع ويخلق حالة من الخوف والهلع في أوساط المواطنين، ولا بد أن تظل هذه القوات في معسكرات بعيدة تمامًا من المدن الرئيسة. وأضاف البلولة أن قواتنا جاهزه لتنفيذ اتفاق الترتيبات الأمنية وقواتنا تنتشر الآن في منطقة الجبال الشرقية بولاية جنوب كردفان وتعمل على تأمين الحدود ما بين السودان ودولة جنوب السودان. بالرغم من أن الخطوة أتت متأخرة، ولكن أن تأتي متأخراً خير من أن لا تأتي، قطعاً توقيع دول الترويكا كضامن ومراقب لاتفاقية جوبا الموقعة بين الحكومة الإنتقالية والجبهة الثورية سيسهم بصوره مباشرة في سلاسة تنفيذ بنود الاتفاق وبالذات ملف الترتيبات الأمنية والذي يعتبر القنبلة الموقوتة القابلة للانفجار تحت أي لحظة وعلى رؤوس الجميع فلذلك لا بد من توفير التمويل اللازم وذلك لضمان دمج قوات حركات الكفاح المسلح داخل الجيش السوداني. هنالك حالة من التململ والسخط داخل مكونات الجبهة الثورية بسبب التباطؤ في تنفيذ الاتفاق، وقطعًا ذلك سيساهم وبصورة كبيرة في انعدام الثقه بين الطرفين، ولعل ذلك ظهر من خلال الاتهامات التي ظلت تكيلها بعض حركات الكفاح المسلح للحكومة ووصفها بعدم الجدية. لا شك أن الخلافات التي نشأت في الآونة الأخيرة داخل أروقة الحركة الشعبية بين مالك عقار وإسماعيل خميس جلاب والتي سترمي بظلال سالبة في سير تنفيذ بنود اتفاقية جوبا إلى جانب التعثر الواضح في تنفيذ بنود مسار الشمال والشرق.
