إبراهيم يوسف كان الأستاذ محمود وأربعون من القياديات والقياديين الجمهوريين معتقلين في منزل بونا ملوال، وسجن كوبر، لمدة عام ونصف العام، ولما خرجوا وجدوا أن قوانين سبتمبر ومحاكم الهوس الديني قد أذلَّت شعباً كريماً جديراً بالإكرام، إذ لم يجد الشعب من الإسلام العظيم إلَّا السيف والسوط. وكانت المحاكم العشوائية تجلس لتحكم باسم الشريعة بدون عدالة، فهي لا تقبل محامين وتقبل البيّنات التي يتم الحصول عليها بطرق غير مشروعة تخالف القانون وحتى الشريعة الإسلامية المدعاة من قبل نميري وأعوانه كالتجسس على عورات الناس، كما أن أحكامها غير خاضعة للاستئناف كما جرى العرف القضائي إلَّا إذا كان الحكم بالإعدام فيتم رفع الحكم إلى كبيرهم النميري، وقد ظن الرئيس نميري ومستشاروه أنه بتحصينهم لحكمهم بهذه الاجراءات التي تلتحف قداسة الإسلام دون أن تكون لها صلة به، لن يجرؤ أحدٌ على معارضتهم أو مجرد الاقتراب منها، واستناداً إلى ذلك أطلق سراح السيد الصادق المهدي ومجموعة من أنصاره التي كانت محتجزة معه، كما أطلق سراح الأستاذ محمود محمد طه و الجمهوريين. حينها قال الأستاذ محمود: “لم نخرج لنرتاح والشعب جائع ومضطهد فنحن اشتهرنا بأننا لا نصمت عن قول كلمة الحق، والسلطات لم تطلق سراحنا إلَّا لنتكلم فتقدمنا إلى محاكم المكاشفي وزملائه، تلك المحاكم التي أنشأها نميري لتحمي نظامه المتهاوي وإذا لم تكسر هيبة هذه المحاكم فلن يسقط نميري وهذه المحاكم لاقى منها المواطن العادي صنوفاً من الإذلال و التنكيل وأصحاب القضية أولى، لذا نحن سنواجه هذه المحاكم ونكسر هيبتها لينفتح الطريق لإزالة النميري وبطانته . و قد كان.. ففدى الأستاذ الشعب وأوفى بما وعد حينما وقف أمام محكمة المهلاوي شامخاً قائلاً كلماته القوية المضيئة: “أنا أعلنت رأيي مراراً في قوانين سبتمبر 1983 من أنها مخالفة للشريعة وللإسلام، أكثر من ذلك إنها شوّهت الشريعة وشوّهت الإسلام ونفّرت عنه، يضاف إلى ذلك انها وضعت واستغلت لإرهاب الشعب وسوقه إلى الاستكانة عن طريق إذلاله، ثم أنها هددت وحدة البلاد، هذا من حيث التنظير. أما من حيث التطبيق فإن القضاة الذين يتولون المحاكمة تحتها غير مؤهلين فنياً وضعفوا أخلاقيا عن أن يمتنعوا عن أن يضعوا أنفسهم تحت سيطرة السلطة التنفيذية تستعملهم لإضاعة الحقوق وإذلال الشعب وتشويه الإسلام وإهانة الفكر والمفكرين وإذلال المعارضين السياسيين، ومن أجل ذلك فإني غير مستعد للتعاون مع أي محكمة تنكَّرت لحرمة القضاء المستقل ورضيت ان تكون أداة من أدوات إذلال الشعب وإهانة الفكر الحر والتنكيل بالمعارضين السياسيين”.
