أقر مدير المركز القومي للمناهج والبحث التربوي عمر القراي، بحذفه آيات قرآنية وأحاديث من بعض المناهج الدراسية وضعت للاستدلال بها في غير مكانها، وأشار إلى أنه قام بحذفها من بعض المقررات الدراسية باعتبارها حديثاً زائداً وضاراً بحد قوله، وكشف عن توجيهه بالإبقاء على الآيات القرآنية والأحاديث بمقرر التربية الإسلامية. وقال القراي للمحكمة بحسب صحيفة الصيحة، إنه يعتنق الدين الإسلامي – إلا أنه أكد في ذات الوقت بأن لديه رؤية لوحده تختلف عن جميع المسلمين، ونفى القراي للمحكمة خلال استجوابه في قضية اتهامه للكاتب الصحفي الطيب مصطفى بنشر مقال صحفي يتهمه فيه بالكفر والردة، نفى ذكره عبارة أن سورة الزلزلة تخيف الأطفال خلال مؤتمر صحفي، وأشار إلى أنه ذكر بأنه وافق على تدريس السورة للأطفال في مرحلة الروضة واشترط عدم شرح معانيها حتى لا تخيف الأطفال، مشدداً على أن القرآن كله يخيف به الله عباده على حد تعبيره.
وشدد القراي بأن المقال معرض الاتهام الذي كتبه الطيب مصطفى وأشياء أخرى لم يحددها للمحكمة قد تسببوا في إهدار دمه ومكالمات هاتفية تلقى خلالها من المتصلين تساؤلات عن مقر سكنه حتى يحضروا إليه للقيام بذبحه على حد قوله.
ونفى القراي لقاضي محكمة جنايات الخرطوم شمال محمد سر الختم، إملاءه أو طرحه لرؤيته الشخصية على اللجان المختصة بوضع المناهج، وإنما خاطبهم وفقاً لما ورد بنص الوثيقة الدستورية مطالبهم بوضع ثورة ديسمبر في اعتبارهم خلال وضعهم للمناهج، نافياً كذلك اجتماعه بأعضاء اللجنة التي تم تشكيلها لوضع المناهج.
