رهنت الحركة الشعبية لتحرير السودان استمرار المؤتمر الوطني كحزب سياسي في جنوب السودان بتغيير خطابه الديني. وقال القيادي بالحركة أتيم قرنق لراديو مرايا إن الأحزاب الدينية تهدد الأمن وتماسك النسيج الاجتماعي في جنوب السودان عبر الدعوة إلى الجهاد -على حد قوله، وأشار قرنق إلى أن دولة جنوب السودان ستكون دولة مدنية علمانية. وكانت القيادية في حزب المؤتمر الوطني، أقنس لوكودو، قد قالت في تصريح لراديو مرايا إن الأمور ليست مؤكدة حتى الآن بالنسبة لمستقبل الحزب في جنوب السودان. وأضافت أقنس أن المؤتمر الوطني يمكن أن يستمر في الجنوب إذا قبلت الحركة الشعبية بوجوده في الدولة الجديدة. وبالمقابل نقل المركز السوداني للخدمات الصحفية عن خبراء قانونيين، القطع بعدم أحقية قطاع الشمال بالبقاء في شمال السودان بعد إعلان نتيجة الانفصال، لغياب وانتفاء الشرعية الدستورية له وفقاً لقانون الأحزاب للعام 2010م. وقالوا إن دعوة الأمين العام للحركة الشعبية الأخيرة بتكوين حزب سياسي مجرد افتراضات وتخمينات اعتبروها خاطئة، مستدلين بقانون الأحزاب للعام 2010م، وقال المركز إن الخبراء يعتبرون الحركة الشعبية جهة أجنبية بعد السابع من فبراير الجاري، الأمر الذي يرونه منطبقاً على رئيسها وأمينها العام وقياداتها بالشمال، منوهين إلى أن قانون الأحزاب والتنظيمات السياسية يحمل في ديباجته نبذ العنف وعدم انتماء الحزب إلى مؤسسة أجنبية، الأمر الذي لا يتوفر لقطاع الشمال.