نفت الحكومة وجود أي قيادي إخواني على أرض السودان، أو أي معارض لنظام الحكم في مصر حالياً، مُعربة عن الأمل أن ترى هذا المواقف أيضاً من مصر، كما نفت وجود اتفاقيات سرية بشأن الحدود بعهد الرئيس السابق محمد مرسي. وأكّد وزير الدولة للإعلام ياسر يوسف، الذي يزور القاهرة حالياً، أن فلسفة علاقة السودان بمصر قائمة على حسن الجوار وعدم التدخل في الشؤون الداخلية واحترام خيارات الشعب المصري. وقال في لقاء صحفي بمقر وكالة أنباء الشرق الأوسط، يوم الأربعاء "إننا نعد أن كل ما يحدث في مصر هو شأن داخلي يخص الشعب المصري، وليس لنا أي دخل فيه، وما يختاره الشعب المصري من قيادات وحكومات، نتعامل معها". وأكّد الوزير يوسف مُجدّداً إدانة السودان للإرهاب بكافة صوره وأشكاله، مشيراً إلى أن الرئيس عمر البشير أجرى اتصالاً هاتفياً بالرئيس عبدالفتاح السيسي، وأدان الحادث المؤسف الذي وقع في سيناء مؤخراً. وحول علاقة السودان بجماعة الإخوان، قال يوسف: "نحن حكومة ولا نتعامل إلا مع الحكومات وعندما نزور مصر الآن نلتقي مع المسؤولين المصريين وأجهزة ومؤسسات الحكومة، ونحن حريصون على العلاقات مع مصر وتطويرها في كل المناحي". وحول ملف مياه النيل، قال يوسف إن العلاقات المائية المصرية السودانية علاقات تاريخية ولن يحدث فيها أي نزاع على الرغم من بعض التوترات العابرة، ولن تكون هناك في المستقبل مشكلة بشأنها. وأضاف "حسب الاتفاقيات حصتنا من مياه النيل 5ر18 مليار متر مكعب نستهلك منها فقط 4ر12 مليار متر مكعب، ولم نذكر هذه الحقيقة في وسائل الإعلام قبل ذلك".