نفى المؤتمر الوطني وجود أي خلاف بين الحركة الإسلامية والوطني حول توجه الحزب عقب انفصال الجنوب، وأكد أن الحزب لم يتغير في ما يتعلق بسياساته أو تكوينه بسبب الانفصال أو بسبب عضويته، وقال: « إن عضوية الحزب من المسيحيين من الشمال ماتزال باقية في الحزب». وكشف القيادى بالمؤتمر الوطني عضو المجلس القيادي بروفيسور عبد الرحيم علي في تصريحات عن جهود مبذولة لوحدة الإسلاميين، وقال إن الإسلاميين في السودان في طريقهم إلى توحيد كلمتهم بأشكال ومساعٍ مختلفة، وأوضح أن المؤتمر الشعبي قضيته سياسية مع المؤتمر الوطني وليست قضية الحركة الإسلامية، بيد أنه قال: «في ما يتعلق بالعمل الإسلامي العام فإن الشعبي جزء من التيار الإسلامي»، ورأى وجود تقارب فكري بين الاتجاهات الإسلامية في بعض القضايا مثل الدستور، مشيراً إلى وجود قضايا كبيرة تجمع الإسلاميين مثل إسرائيل والتدخل الأجنبي وغيرها. وقال علي إن السياسة يفترض لحد كبير أن تعبر عن التقارب بين الإسلاميين، ولكنه أشار إلى أنها تظهر عليها الخلافات أحياناً. وقال علي إن الحركة الإسلامية جزء من الحزب في ما يتعلق بالسياسة، ولكن في غير الأمور السياسية هنالك كيان قائم بذاته، وأكد أن الحركة الإسلامية لا تعمل خارج الإطار الحزبي في القضايا السياسية، لافتاً إلى عدم وجود حزب باسم الحركة الإسلامية بالسودان، وقال إن الحزب الذي تنتمي إليه الحركة الإسلامية هو المؤتمر الوطني، واعتبر ما جرى في ليبيا ومصر وتونس انتصاراً للحركة الإسلامية.
