رغم بعدهما الجغرافي، إلا أن منطقتي«بورتسودان وجبل مرة» تتشابهان كثيراً في مناخيهما، وتختلفان عن مناخ بقية أجزاء السودان. ففي هذه الأيام حيث تهب نسيمات الشتاء في معظم أنحاء البلاد إيذاناً بدخول الفصل، تهطل الأمطار بالمنطقتين، موضحة فروقات المناخ، حيث يتمتع جزء من ساحل البحر الأحمر بمناخ البحر الأبيض المتوسط، المعروف بحرارة وجفاف صيفه، وبرودة شتائه المطير، إلا أن تأثير هذا المناخ لا يمتد كثيراً نحو الداخل، إذ يقتصر على السهل الساحلي الذي تقع فيه مدينة بورتسودان فقط، التي تبلغ عدد ساعاتها المشمسة حوالي «3200» ساعة في السنة. ويبلغ متوسط معدل هطول الأمطار السنوي «76» مليمتراً تقريباً، بسبب الرياح التجارية الشمالية الشرقية التي تمر عبر البحر الأحمر في فترة الشتاء. أما منطقة جبل مرة التي هي مجموعة من قمم بركانية يبلغ ارتفاعها «10.000» قدم فوق مستوى سطح البحر، وتتكون من سلسلة من المرتفعات بطول «240» كلم، وعرض «80» كلم، تتخللها الشلالات والبحيرات البركانية، فإنها تتمتع بطقس معتدل، يغلب عليه طابع مناخ البحر الأبيض المتوسط. مها عبد الله رئيس قسم التوقعات بالهيئة السودانية للإرصاد الجوية أفادت أن «ساحل البحر الأحمر وسلسلة جبال مرة» هما المنطقتان الوحيدتان اللتان يختلف مناخهما عن بقية أجزاء السودان. فساحل البحر الأحمر ورغم تشابه مناخه بالبحر الأبيض المتوسط ، إلا أنه حار ورطب في الصيف، وبارد ورطب وممطر في الشتاء، أي، أن الرطوبة في كل الفصول تقريباً ، إلا أنه أحياناً قليلة، وفي فصل الخريف العادي لبقية أجزاء السودان يمطر ساحل البحر الأحمر نتيجة لتقدم المنسوب بالشرق عند انخفاض وتوغل منخفض الهند الموسمي. وأردفت أن مناخ جبل مرة هو الأقرب لمناخ البحر الأبيض المتوسط، بالرغم من هطول الأمطار في كل فصول السنة تقريباً.
