خطوة أخرى قفزت بها الحكومة بعد توقيعها مع حركة العدل والمساواة الفصيل المنشق عن الحركة بقيادة محمد أبشر الحكومة اعتبرت أن توقيع اتفاق الدوحة للسلام مع حركة العدل والمساواة هو هدية للاتحاد الإفريقي وهدية للأمم المتحدة والمجتمع الدولي، لكن إلى أي حد يمكن أن يكون هذا الفصيل مؤثراً على الحركة وما مدى تأثير هذا الانشقاق على الحركة. وبحسب القيادي بحركة العدل والمساواة جناح السلام أحمد يحيى مادبو الذي أكد في اتصال هاتفي ل «الإنتباهة» أن أي شخص ينضم إلى ركب السلام يعتبر إضافة حقيقية. فالقادة الموقعون على هذا الاتفاق يمثلون أطرافاً أساسية لدى حركة العدل والمساواة. فمحمد أبشر كبير الموقعين كان يشغل منصب رئاسة «سي إم سي» فى الاتحاد الإفريقى ويمثل إضافة حقيقية للسلام. وللوصول إلى سلام حقيقي وشامل دعا مادبو إلى تقديم تنازلات من قبل الطرفين للوصول إلى سلام حقيقي، داعياً إلى توسيع دائرة الحوار حتى يكون السلام واقعياً في دارفور ودائماً لدارفور. ويعتبر محمد أبشر من أهم القادة في الحركة وله قواعد لدى صفوف الحركة، وقد برز اسمه ضمن الانقلاب الذي ضرب الحركة عندما أصدرت مجموعة من حركة العدل والمساواة بياناً أعلنت فيه عزل زعيم الحركة جبريل إبراهيم وتنصيب محمد بشر أحمد رئيساً لتنظيمها وذلك في انشاق جديد داخل الحركة. وقالت المجموعة المنشقة حديثاً في بيان، إنها عقدت اجتماعاً في منطقة فوراوية في شمال دارفور في يومي 8 و9 سبتمبر من العام 2012 وقررت أيضاً تشكيل مجلس عسكري انتقالي برئاسة محمد بشر أحمد لحين انعقاد مؤتمر عام للحركة فى فترة أقصاها «45» يوماً، وإعادة تعيين بخيت عبد الكريم عبد الله «دبجو» قائداً عاماً، وتكليف علي وافي بشار ناطقاً رسمياً باسم المجلس العسكري الانتقالي. واتهم على الوافي المتحدث باسم المجلس العسكري الانتقالي للمجموعة في مقابلة مع راديو دبنقا، اتهم حركة العدل والمساواة بالخروج عن الطريق والسير وفق أيديولوجيات وأجندة حزبية وخاصة. وبعد مقتل قائد الحركة خليل إبراهيم فقد انشق أكثر من عشرين عنصراً عن قيادة العدل والمساواة وأعلنوا رغبتهم في الالتحاق بوثيقة الدوحة للسلام ونبذ أسلوب العنف لمعالجة قضية دارفور، مؤكدين أن هذا موقف طبيعي بالنسبة للحركة التي كانت من المبادرين بالحوار مع الحكومة في العاصمة القطرية. ومن بين أبرز الانشقاقات التي ضربت الحركة يعتبر انشقاق الفريق بخيت عبد الله عبدالكريم «دبجو» القائد العام لحركة العدل والمساواة الانشقاق الأول في صفوف جيش الحركة بعد مقتل الدكتور خليل إبراهيم محمد بغارة جوية في الرابع والعشرين من ديسمبر 2011 في منطقة أم جرهمان بولاية شمال كردفان ولكنه الانشقاق الثالث من نوعه في صفوف حركة العدل والمساواة بعد تأسيسها في العام 2002 فقد انشق عنها قائدها العام اللواء جبريل عبد الله في 23 فبراير سنة 2004 وكون فصيلاً باسم حركة الإصلاح والتنمية التي تلاشت بمرور الأيام والسنين وفي سبتمبر العام 2007 انشق عنها قائدها العام عبد الله بندة ومعه إدريس بحر أبو قردة وزير الصحة الاتحادي الحالي والأمين العام لحركة العدل والمساواة السابق والأمين العام لحركة التحرير والعدالة الموقعة على وثيقة الدوحة وتاج الدين بشير نيام وزير البنية التحتية بالسلطة الإقليمية وأسسوا ما يسمى بحركة العدل والمساواة القيادة الجماعية التي أصبحت لاحقا النواة الأساسية لحركة التحرير والعدالة التي يترأسها الدكتور التجاني سيسي. هذه الانشقاقات التي ضربت الحركة اعتبرها المنشق من الحركة سابقا وزير الصحة الحالي بحر إدريس أبو قردة»، إنها مؤثرة في جسم الحركة بعد سلسلة انشقاقات حدثت في الحركة منذ بداية عملها العسكري في «2003»م، واتهم قادة حركة العدل والمساواة بأنهم يديرون الحركة بالأسلوب الإقصائي وبعقلية لا تسمح بوجود المعتدلين، ووصف حركة العدل والمساواة بأنها منهارة. إذن من المتوقع أن يكون الاتفاق الأخير دعماً للعملية السلمية في دارفور كما يمثل جرس إنذار للعناصر المتمترسة من حركة العدل التي ترفض الالتحاق بمسيرة السلام.
