من الناحية السياسية فان جماعات الاسلام السياسي خانوا مبادئ الاسلام وقيمه الأصلية .. وقاموا بمذابح عديدة وفظيعة ضد المواطنيين السودانيين وزجوا بالاف المواطنيين في السجون وانتهكت حقوقهم وأعراضهم انتهاكات تقشعر لها الابدان وتعرضوا للضرب والتعذيب النفسي والجسدي لا رعوا كبار السن ولا علماء دين وحتى الاطفال لم يسلموا من تعذيبهم .. والأديان جميعا تنهانا عن ذلك الاسلام الأصلي هو تجسيد للقيم الانسانية كالعدل والحرية والمساواة والتسامح، الاسلام السياسي هو عقيدة حرب فاشية تعادي العلمانيين وغير المسلمين وكل من لا يقتنع بعبقريتهم الشاذة تعتبر محاربته واجبا دينيا. الاسلام السياسي كان دوره تخريبيا في مجال الدين والسياسة فقد ترسخت أفكار متطرفة في أذهان الكثيرين . ويعتقدون ان جمهور الفقهاء أوجبوا طاعة الحاكم في كل الاحوال سواءا اختاره المسلمون بانفسهم أو انتزع الحكم بالقوة واستخلصوا من الدين أفكارا منحرفة مناقضة لمبادئه ويتصورون أن الله يبيح لهم تعذيب الناس وإهدار آدميتهم وأقنعوا انفسهم بشرعية التعذيب أخلاقيا وعندما يقوم ضابط جهاز الأمن بتعذيب الضحية يصوره بانه عميل وعدو للوطن أو كافرا مما يبرر فى ذهنه قيامه بتعذيبه حماية للمجتمع والوطن وبدون هذا التبرير فإن ضابط جهاز الامن سوف يعجز حتما عن الاستمرار فى تعذيب ضحاياه اذا كنا نتعلم من التاريخ ومن (بيوت الاشباح) فيجب أن نبدأ من حيث انتهت الدول المحترمة ويجب أن نفهم أن فصل الدين عن الدولة شرط أساسي لاحترام حقوق الانسان وللتقدم ولا يعني ذلك العداء للدين أو التخلي عن مبادئه الفاضلة. لكن الدين يجب أن يظل شأنا شخصيا لا يرتب حقوقا سياسية لمعتنقيه. ويجب أن تكون الدولة مؤسسة مدنية تقف على نفس المسافة مع الأديان جميعا. بفضل العلمانية يعيش المسلمون في الدول الغربية تحت حماية القانون ويمارسون عقيدتهم ومعتقداتهم ويتمكنون من بناء المساجد بكل حرية واحترام. ان الاسلام دين نستمد منه القيم الإنسانية، ونظام الحكم القائم على الدين لم توجد في التاريخ أساسا فلم تقم في التاريخ خلافة اسلامية وانما عبارة عن امبراطوريات إسلامية لم تقم على مبادئ الدين وانما قامت مثل كل الامبراطوريات القديمة على المؤامرات والمذابح. كل هذه حقائق تاريخية قاطعة لكنها من الصعب ان تقنع بها أتباع الاسلام السياسي لأن شيوخهم غسلوا أدمغتهم باستعمال عواطفهم الدينية النظام الفاشي السابق كان يعتمد فى بقائه على القمع. وكان لا يدرك حقيقة أن جهاز القمع، مهما بلغ جبروته، فهو أساسا مكون من مواطنين مندمجين فى المجتمع، ومواطنون يجرى عليهم ما يجرى على السودانيين ومع تزايد القمع اتى اليوم الذي عجزوا فيه عن تبرير ما يرتكبونه من جرائم فى حق الناس، وبناءا عليه لا استبعد ان رئيس جهاز الامن السابق بذكائه الأمني أدرك ان النظام فقد قدرته على القمع الذي يعتمد عليه في البقاء فاجتمع بالمعارضة في دار حزب الامة او في احد البيوت ان لم اكن مخطئ في كيفية تغيير النظام حتى ينجو بنفسه وبالتالي لقى النظام النهاية التى يستحقها ..