لم يهدأ الجدل يومًا والحديث إزاء الشراكة بين المكونين المدني والعسكري بمجلس السيادة على الرغم من تأكيدات الطرفين السابقة والدائمة بالشراكة والانسجام، والتفرد، مع وجود أحداث كبيرة أثرت على الساحة هنا وهناك كأزمة هيئة العمليات ومحاولة اغتيال رئيس مجلس الوزراء، وقريبًا من الواقع أثار مؤخرًا تكليف نائب رئيس مجلس السيادة الفريق أول محمد حمدان دقلو عقب اجتماعٍ ثلاثي مشترك، رئيسًا للآلية العُليا لادارة الأزمة الاقتصادية قبل أن يتم العدول عن القرار، أثار ذلك العديد من التساؤلات حول طبيعة مهام المجلس السيادي والمكون العسكري، والوصف الوظيفي وطبيعة عمل كل من أعضاء مجلس السيادة وتقاطع السلطات في بعض الملفات مع الجهاز التنفيذي، ومن قبل أثار لقاء رئيس مجلس السيادة الفريق أول عبد الفتاح البرهان برئيس الوزراء الاسرائيلي بنيامين نتنياهو ذات التساؤلات. على الرغم من الاختلاف بين رئاسة حميدتي لآلية إدارة الأزمة الاقتصادية ولقاء رئيس مجلس السيادة بنتيناهو وما ترتب على الزيارة الذي اُعتبر من صميم مهام رئيس مجلس الوزراء وفقًا للوثيقة الدستورية، إلا أن ذات التساؤلات حول مهام مجلس السيادة من جانب، واختصاصات المكون العسكري برزت مجددًا، البعض يدعو إلى عدم التفريق والفصل بين المكونين في مجلس السيادة والنظر لهما ككتلةٍ متجانسة، فيما تشير تحليلات ومصادر إلى أن مهام مجلس السيادة لا تغدو تشريفيةً فقط إلى جانب تقاطعات وتداخل في السلطات بين عموم مكونات المجلس السيادي والعسكري تحديدًا مع الجهاز التنفيذي. رئيس مجلس السيادة تشير الوثيقة الدستورية المادة 11 البند 1 إلى أن مجلس السيادة رأس الدولة ورمز سيادتها ووحدتها وهو القائد الأعلى للقوات المسلحة والدعم السريع والقوات النظامية الأُخرى ويتكون بالتوافق بين المجلس العسكري وقوى إعلان الحُرية والتغيير، فيما انحصرت مهام واختصاصات مجلس السيادة وفقًا لمواد الوثيقة الدستورية على اعتماد تعيين رئيس مجلس الوزراء وأعضاء المجلس، وولاة الولايات وغيرها من البنود إلى جانب رعاية عملية السلام والأخير إحدى الملفات التي ظلت ولا تزال محل شدٍ وجذب إذ انتقدت قوى إعلان الحُرية والتغيير مجلس السيادة واتهمتهُ بتجاوز صلاحياته التشريفية والقيام بمهام من صميم عمل السلطة التنفيذية. أما في الفصل الحادي عشر فنصت المادة 35، على أن القوات المسلحة وقوات الدعم السريع مؤسسة عسكرية حامية لوحدة الوطن وسيادته تتبع للقائد العام للقوات المسلحة وخاضعة للسلطة السيادية، وينظم قانون القوات المسلحة وقانون الدعم السريع علاقة المؤسسة العسكرية بالسلطة التنفيذية، وفيما منحت الوثيقة شأن القوات المسلحة للقائد العام البرهان وبإطلاق صفة القائد الأعلى للقوات النظامية فلهُ حق الفصل والتعيين والترقيات. ملفٌ آخر أثار سابقًا جدلًا واسعًا حول لمن تؤول السلطات فيه وهو بنك السودان المركزي الذي تشير آراء إلى أنها لدى مجلس السيادة، المكون العسكري، فيما يرى آخرون أنها يجب أن تؤول وتتبع لرئيس الوزراء وفقًا للوثيقة الدستورية. ونصت المادة 74 من الوثيقة الدستورية : " باستثناء السلطات والصلاحيات الممنوحة لمجلس السيادة بموجب هذه الوثيقة الدستورية تؤول كل سلطات وصلاحيات رئيس الجمهورية ذات الطبيعة التنفيذية الواردة في أيّ قانون ساري لرئيس مجلس الوزراء." يذكر أن رئيس مجلس السيادة البرهان عين في وقتٍ سابق المحافظ الجديد لبنك السودان المركزي، فيما قال رئيس مجلس الوزراء عبد الله حمدوك في حوار تلفزيوني سابق إن تبعية المركزي ل(السيادي) أمر يتطلب تصحيحًا بأن تعود تبعيتهُ لمجلس الوزراء. حميدتي والسلام العضو العسكري المثير للجدل الفريق أول محمد حمدان دقلو "حميدتي" يتولى بدوره ملف السلام بين الحكومة السودانية الانتقالية والحركات المسلحة بجوبا، إذ يترأس حميدتي الوفد الحكومي المفاوض، إلى جانب ترؤسهُ لملف السلام والوسيط لعملية السلام بدولة جنوب السودان، كما يشرف على العديد من الملفات أحيانًا من واقع منصبه كنائب لرئيس مجلس السيادة. ومؤخرًا برز دورٌ آخر لحميدتي وهو المتعلق بأهم الملفات بالتزامن مع ملف السلام وهو الملف الاقتصادي، فمع بروز الأزمة الاقتصادية مجددًا وعلى إثر سعي الحكومة الانتقالية لمعالجة الأزمة وبحثها عقد اجتماعٌ ثلاثي بين مجلسي السيادة والوزراء وقوى الحُرية والتغيير، تم تكوين آلية عُليا لإدارة الأزمة الاقتصادية بالبلاد عُين حميدتي رئيسًا لها، لكن ما لبثت أن تراجعت السُلطات عن ذلك في اجتماع مشترك ليتم تعيين رئيس الوزراء حمدوك رئيسًا للآلية. وعزا الناطق باسم المجلس المركزي لقوى الحُرية والتغيير إبراهيم الشيخ التراجع إلى فصل السلطات والالتزام بالوثيقة الدستورية والاحتجاجات التي اندلعت احتجاجًا على ذلك. شمس الدين الكباشي وفقًا لمعلومات (السوداني) فإن عضو مجلس السيادة الفريق أول شمس الدين الكباشي يتولى ملف الشرطة، وأيضًا الأمن من ناحية إشرافية حيثُ تُسمى بلجنة الإشراف الأمني. ويترأس الكباشي وفد التفاوض الحكومي لمسار المنطقتين/عقار، وعبد العزيز الحلو، كما يمثل نائب رئيس الوفد الحكومي، كما يُشرف على الوساطة السودانية لسلام جنوب السودان في حال غياب نائب رئيس مجلس السيادة الفريق أول محمد حمدان دقلو. أما ما نصت عليه الوثيقة الدستورية فيما يتعلق بقوات الشرطة أشارت المادة 36/1، إلى أن قوات الشرطة قوات نظامية قومية لإنفاذ القانون وتختص بحفظ الأمن وسلامة المجتمع وتخضع لسياسات وقرارات السلطة التنفيذية وفق القانون، وتشير المعلومات إلى أنه لم تفصل شكل العلاقة مع الجهاز التنفيذي حتى الآن ، فيما نص البند 2 من ذات المادة: ينظم قانون الشرطة علاقة الشرطة بالسلطة السيادية. ونص الفصل السادس عشر المادة 75 في حالة نشوء نزاع بين السلطة ذات الطبيعة السيادية والتنفيذية أن تكون المحكمة الدستورية هي المُختصة بالبت في ذلك النزاع، مصادر (السوداني) تشير إلى أن قانون الشرطة لم يعدل ليواكب الوثيقة. وفيما يتعلق بجهاز المخابرات العامة نصت المادة 37 "1" على أن جهاز المخابرات العامة جهاز نظامي يختص بالأمن الوطني وتقتصر مهامهُ على جمع المعلومات وتحليلها وتقديمها للجهات المختصة ويُحدد القانون واجباتهُ ومهامه ويخضع للسلطتين السيادية والتنفيذية وفق القانون. إبراهيم جابر عضو مجلس السيادة الفريق ابراهيم جابر تشير معلومات (السوداني) إلى أنهُ يتولى ملفات متعددة كالملف الاقتصادي وملفات ذات طابع أمني واقتصادي فله ملفات مرتبطة بكل الجهات في الدولة من الناحية الأمنية لجهة وجود تقاطعات مع عمل بعض الوزارات، ففي وزارة الخارجية يهتم جابر بالسياسات الخارجية فيما يتعلق بالأمن القومي. ياسر العطا عضو مجلس السيادة الفريق ياسر العطا أوكلت لهُ مهمة تفكيك مؤسسات النظام السابق حيثُ تم تعيينهُ في ديسمبر من العام الماضي بقرار من رئيس مجلس السيادة الفريق أول عبد الفتاح البرهان، رئيسًا ومتحدثًا باسم لجنة إزالة التمكين ومحاربة الفساد واسترداد الأموال، وذلك إنفاذًا لقانون أقرهُ مجلس الوزراء لتفكيك نظام الانقاذ ومصادرة الممتلكات وحظر نشاط قياداته. أيضًا كان يتولى العطا في ملف السلام مسار الوسط، والشمال والشرق، وقد انتهت هذه الملفات بالتوصل لاتفاقيات حولها.
