وصف مدير إدارة الطب العلاجي بوزارة الصحة بولاية الخرطوم، د.بابكر محمد علي، دعاوى تفكيك وتشليع مستشفى الخرطوم، بأنها محاولات يائسة للوقوف في وجه الإصلاح والتغيير، الذي يصطدم مع المصالح الشخصية لهذه الفئة القليلة، التي تسعى بشتى السبل لاتخاذ المرضى دروعاً لخدمة أجندتها الخاصة، وعمدت لاتخاذ كافة أساليب الممانعة لإثناء الوزارة عن المضى قدماً في تنفيذ هذه الإصلاحات، علماً بأن هذه الأهداف الخاصة والحملة المنظمة مرصودة بدقة من قبل الوزارة. وأكد بابكر أنه ليس هناك أي نية للوزارة لإغلاق المستشفى، وإنما تأهيله ليكون مستشفى مرجعياً، يخدم مصلحة المرضى، وقد بدأت الوزارة بالفعل تأهيل البرج الذي أقامته سوداتل بالمستشفى، ليكون مركزاً مرجعياً للعظام، يخدم كل البلاد وتأهيل مجمع العمليات الذي لم تَطَلْهُ يد التأهيل لسنوات مضت، ليكون مجمعاً لجراحة التجميل والجراحات الدقيقة المتخصصة. وأشار بابكر إلى أن الأرقام التي أوردها بيان الهيئة النقابية للعاملين بالمستشفى، لا علاقة لها بالواقع وتجافي الحقيقة، وزاد: "فكيف يستقيم المنطق أن يكون عدد الذين دخلوا العنابر (148067)، أكبر من عدد المترددين على الحوادث (22146)، علماً بأن معظم الحالات يتم علاجها بالحوادث؟". وفيما يختص بفشل تجربة نقل الخدمة للأطراف من المستشفيات، ووصف بابكر هذا الادعاء بأنه محاولة لتكريس الأوضاع بمستشفى الخرطوم لخدمة مصالح الأفراد.
