يقول التاريخ إن يوغندا في زمن الحكم التركي نهاية القرن التاسع عشر كانت جزء من السودان، فقد امتدت حدود المديرية الاستوائية حينها حتى بحيرة فكتوريا. والمعروف أيضاً أن الجزء من السودان الذي لم يكن تحت تصرف الثورة المهدية هو الإقليم الاستوائي إلى أن أصبح السودان ويوغندا تحت الحكم البريطاني في العام 1888م وحتى العام 1960 – 1961م. مما يعني أن السلطة في يوغندا والسودان ظلت سلطة واحدة طيلة قرن من الزمان. كما أن الثورة الجهادية التي واجهت بريطانيا في كرري تكررت كذلك في شمال يوغندا بقبائل مسلمة، وهي التي جاء منها الرئيس عيدي أمين الرئيس الأسبق ليوغندا. كما أن هنالك رابط بين البلدين وتداخل قبلي، والإقليم على الحدود استوائي مما يجعل طبيعية البلدين واحدة. علاقات حميمة بالحركة الشعبية ونشأت بذلك علاقات حميمة بين الحركة الشعبية لتحرير السودان ويوغندا منذ تأسيس الحركة. " يوغندا ظلّت تقدم الدعم اللوجستي للحركة بصورة دائمة، وتسمح بمرور السلاح الإسرائيلي عبر أراضيها إلى جنوب السودان " وظلت يوغندا تقدم الدعم اللوجستي للحركة بصورة دائمة، وتسمح بمرور السلاح الإسرائيلي عبر أراضيها إلى جنوب السودان. وهذا ما أدى إلى تعكير الأجواء بين الخرطوم وكمبالا وسط اتهامات يوغندا للخرطوم بدعم جيش الرب المعارض واستضافته في الأراضي السودانية ودعمه. ولم يكتب لهذه العلاقات التحسن حتى الآن، وقد ظلت في المقابل في تطور كبير مع الحركة الشعبية حتى اجتماعات الحركة كانت تتم في شمال يوغندا. وفي أواخر الثمانينيات بدأت المناهج اليوغندية والكينية تدرس في جنوب السودان وأصبح الأساتذة اليوغنديون يستعان بهم في التدريس باعتبارهم خبرات في تلك المناهج. كما استعانت حركة تحرير السودان بالعمالة اليوغندية في الجنوب من أجل بناء بعض المنشآت. وهكذا أصبحت ليوغندا علاقات مصالح مشتركة مع الحركة الشعبية لتحرير السودان. قرنق وآخر زيارة ليوغندا في يوم الجمعة التاسع والعشرين من يوليو - بعد (20) يوماً من عودته إلى الخرطوم - توجه الدكتور جون قرنق إلى مطار عنتبي بيوغندا. ليغادره متوجهاً إلى رواكيتورا في إقليم أميرارا بغرب يوغندا, حيث استقبله الرئيس اليوغندي موسفيني في مزرعته الخاصة. وجرت بينهما محادثات مكثفة حول كيفية تنسيق الجهود العسكرية من أجل القضاء على المتمردين اليوغنديين، وفتح الباب واسعاً أمام السلام والاستقرار في جنوب السودان. ليستغل بعدها جون قرنق الطائرة الرئاسية اليوغندية المنكوبة, بغرض التوجه إلى منتجع نيو سايد والذي يقع وسط الجبال في جنوب السودان بالقرب من منطقة كلشنجو على الحدود الكينية, حيث كان مقرراً الاجتماع بقيادة الحركة من أجل تدشين نشاطها رسمياً هناك. يوغندا والطائرة المحطمة إلا أن الأحوال الجوية السيئة واجهت الطائرة المروحية بعد دخولها الأراضي السودانية. فطلب قائد الطائرة الإذن بالعودة إلى الأراضي اليوغندية والهبوط في القاعدة الجوية قي مدينة قولو في شمال يوغندا, فسمحت له القيادة بذلك. مع أن قائد الطائرة لم يشر حينها إلى وجود أي صعوبات فنية تواجهه، ولكنه فقط أشار إلى سوء الأحوال الجوية. لينقطع اتصاله بعد ذلك مباشرة بالمحطة الأرضية, وكان التوقيت حينها الساعة الخامسة من مساء السبت الثلاثين من يوليو للعام 2005. انطلقت طائرات مروحية عسكرية للبحث عن الطائرة المفقودة. فتم العثور عليها بعد ساعات محطمة في وادي كيديتو على سلسلة جبال الأماتونج في إقليم شرق الاستوائية جنوب السودان إثر ارتطامها بإحدى السلاسل الجبلية هناك. ومنطقة الحادث هي المنطقة التي ينشط فيها جيش الرب للمقاومة اليوغندية ويقوده القس جوزيف كوني. يوغندا تترقب وتتابع نيفاشا وعندما كانت هناك مجهودات تتم من أجل اتفاق نيفاشا عند الجارة كينيا وسط ترقب ومجهود من دول الإيقاد كانت يوغندا تترقب هذه المفاوضات عن كثب. " يوغندا كانت تعمل من أجل الانفصال حتى تجعل دولة الجنوب مرتعاً جيداً من أجل تحقيق مصالحها في الدولة المرتقبة " وعندما خلصت هذه المفاوضات وأثمرت بالتوقيع النهائي على نيفاشا باركت يوغندا هذا الاتفاق وعينها على بند تقرير المصير للجنوبيين في التاسع من يناير المقبل. وعلى النقيض كانت تعمل يوغندا من أجل الانفصال حتى تجعل دولة الجنوب مرتعاً جيداً من أجل تحقيق مصالحها في الدولة المرتقبة والتي من أبرزها القضاء على جيش الرب الذي ظل يهدد حكومة موسفيني. والكل كان يعلم الفوائد الجمة التي ستجنيها يوغندا بعد انفصال الجنوب، فهنالك مخطط يوغندي عنصري بجعل الأفارقة يستحوذون على الجنوب السوداني، ويتم طرد الشماليين كلياً. كما أن يوغندا ظلت تمرر السيناريو الإسرائيلي الأميركي في أفريقيا عبر (رجلها) في المنطقة "موسفيني" فتسمح دوماً بمرور السلاح الإسرائيلي عبر الأراضي اليوغندية. كما ظلت تقيم الدورات العسكرية في أراضيها لمنسوبي الجيش الشعبي وتقوم بتوفير معسكرات للجيش الشعبي في أماكن متفرقة من يوغندا. وكل ذلك مقابل توفير الدعم الأجنبي للحكومة اليوغندية. فوائد اقتصاديّة من الجنوب كما أن هنالك فوائد اقتصادية كبيرة تجنيها يوغندا، فلن تستطيع دولة الجنوب تصدير النفط إلا من خلال ميناء ممبسا بكينيا، المنفذ البحري الوحيد لجنوب السودان عبر الأراضي اليوغندية. كما أن الجنوب في حاجة إلى الأيدي العاملة اليوغندية من أجل إنشاء مشاريع التنمية الكبيرة التي تهدف دولة الجنوب إلى إنشائها وهذا سيقلل من البطالة هنالك. وسيتم طرد التجار الشماليين والاستعانة بالموارد اليوغندية. الرئيس اليوغندي موسفيني زار الجنوب وهنأ سلفاكير بفوزه في الانتخابات الأخيرة ولم يحضر للشمال لتهنئة البشير. كما أن حكومة الجنوب قامت بتسجيل عدد كبير من القبائل اليوغندية في سجل التصويت على الاستفتاء لحق تقرير مصير جنوب السودان الشيء الذي اعتبرته الخرطوم من أكبر الخروقات الحالية. هذه الدلائل وغيرها تشير علي عمق العلاقات بين الحركة الشعبية ويوغندا والمصالح المشتركة من فصل الجنوب عن شماله.
