قادت مجموعة من قيادات مؤتمر البجا انشقاقاً داخل جبهة الشرق بإعلانهم تسجيل تنظيم "حزب الشرق" لدى مجلس الأحزاب السوداني، ووقعت الجبهة المكونة من تحالف مؤتمر البجا والأسود الحرة اتفاق سلام بأسمرا مع الحكومة في 2006م. وأكد رئيس المجلس القيادي لحزب الشرق للتنمية والعدالة حسن محمد عثمان كنتباي أن الحزب الجديد يعد امتداداً للحراك السياسي في شرق السودان. وأبان كنتباي خلال تنوير للقيادات السياسية للقوى السياسية بمدينة كسلا بشرق البلاد، حول تداعيات تشكيل الحزب، أن مؤتمر البجا كافح من أجل قضايا الشرق المطلبية التي تنادي بحقوق أهل الإقليم الذين عانوا كثيراً من التهميش وضعف الخدمات وعدم الاستقرار، حسب قوله. مبررات الانشقاق وأشار كنتباي الى أن اتفاق الشرق لم يلب طموحات أهله بسبب ضعف تجربة جبهة الشرق ومؤسساتها وهو ما نتج عنه ظهور خلافات وسط التحالف الذي يتكون من كيانات عدة، الأمر الذي قاد لظهور حزبه الجديد ليعمل بموجب لوائح مجلس الأحزاب لخدمة قضايا المنطقة. وأشار الى أنه كان من المقرر تسجيل الحزب باسم جبهة الشرق إلا أن اعتراض الكيانات الموقعة على اتفاق أسمرا أدى الى تسجيله بمسمى "حزب الشرق"، وأضاف أن حزبه سيسعى لجمع الصفوف في الإقليم لخدمة قضايا الشرق. يشار إلى أن جبهة الشرق أسستها مجموعة البجا، كبرى قبائل شرق السودان "مؤتمر البجا"، إضافة إلى قبيلة الرشايدة العربية "الأسود الحرة"، وقادت الجبهة صراعاً ضد الحكومة المركزية دام نحو 12 عاماً قبل أن يتوصل الجانبان في مفاوضات بوساطة إريترية، الى اتفاق سلام وقع بأسمرا في أكتوبر 2006م.