بالرغم من بدء العمل في تطبيق قانون مهن تنظيمات أصحاب الانتاج الزراعي والحيواني بخطوات عملية، الا أن هناك جدلاً حول القانون بين بعض المزارعين والرعاة وبعض الجهات المختصة الأخرى حول كيفية التطبيق، وفي الوقت الذي أكدت فيه بعض الاتحادات والجهات ان تنفيذ القانون الجديد سيسهم في حل كثير من المعوقات التى كانت تعترض مسيرة الانتاج بالقطاعين الزراعي والحيواني، قال البعض ان تطبيق القانون الجديد فيه ضبابية وغير مفهوم ويجب على الجهات المختصة مراجعة هذا الأمر قبل الدخول في التنفيذ الفعلي للقانون. وقال عبد الحميد آدم مختار الأمين العام لاتحاد مزارعي السودان ان هناك خطوات كبيرة ومستمرة بدأت لتنفيذ بنود القانون من القواعد والاتحادات الفرعية، مبينا أن العمل جار حاليا وسط الجهات المختصة لتكوين جمعيات الانتاج والتى تبلغ حوالي (420) جمعية قاعدية واكثر من (500) جمعية متخصصة، بالاضافة ل(300) جمعية على مستوى المحليات ، ونحو (15) تنظيما على مستوى الولايات والتنظيمات القومية بنهاية الفترة المحددة للانتقال للتحول من الاتحادات الحالية للتنظيمات الجديدة . وأكد مختار ان التحول سيتم عبر الإحلال تمهيدا الى إلغاء جميع الاتحادات ، واضاف مختار فى حديثه ل(الرأى العام) ان التنظيمات الجديدة ستسهم في الوصول لحل المشكلات التى تهدد العمل الزراعي والحيواني في الفترة الماضية، بجانب تحقيق عدد من الايجابيات التى من بينها إتاحة الفرصة لأصحاب الانتاج الزراعي والحيواني لادارة شؤونهم الانتاجية بكفاءة عالية دون تدخل من جهات لاعلاقة لها بالعمل بجانب تمكنهم من الاستغلال الأمثل للموارد الطبيعية ، ودورها في الارتقاء بالانتاج من المحصولات والثروات الحيوانية، والحصول على التمويل والمدخلات الضرورية والاتنقال من الانتاج التقليدي لإنتاج اقتصادي متطور قادر على التنافس بمعدلات عالية ليكون المردود كله لمصلحة المنتج نفسه . وفي السياق قال عبد العزيز بشير رئيس اتحاد مزارعي مشروع السوكي الزراعي ان القانون الجديد فيه مزايا ايجابية كبيرة علي الزراع ، بجانب انه ينصف المزارعين في حسم القضايا التى تواجههم. واضاف بشير ل (الرأى العام) أن الانتقال للقانون الجديد يسهم في تحقيق العديد من الايجابيات التى يستفيد منها المنتجون في المقام الأول قبل الجهات الأخرى . من جانبه قال خالد محمد رئيس اتحاد الرعاة بولاية الخرطوم ان التكوينات الجديدة للمنتجين ستحدث نقلة حقيقية في الإنتاج الزراعي والحيواني، مبينا تفهم القواعد للتنظيمات البديلة للاتحادات الحالية بحجة انها تتيح لهم الفرصة للاستفادة من الخدمات المطلوبة من الجهات المختصة. وذكرخالد فى حديثه ل(الرأى العام) ان الاتحادات بدأت حاليا الخطوات المطلوبة في المرحلة القادمة حتى يتم التنفيذ الفعلي للدخول في القانون الجديد.
