غداة أعلان نتيجة الانتخابات التي نقلت البلاد إلى مرحلة التحول الديمقراطي والشرعية الدستورية التي نصت عليها اتفاقية السلام الشامل في العام 2005 م بين الشمال والجنوب، جاء فوز رئيس الجمهورية المشير البشير، حاملا بشرى الوحدة بين الشمال والجنوب، والسعي لتحقيقها، وقال البشير في احتفال الفوز بالمركز العام لحزب المؤتمر الوطني في ليلة إعلان النتيجة "نحن على ثقة بأن القاعدة الشعبية في الجنوب مع الوحدة، ونسعى بجد من اجل أن يُعبِّر الشعب هناك بحرية حول الوحدة أو الانفصال"، ومضى البشير ليقول وسنعترف بما يقرره وننفذه، مؤكداً أن السودان ليس ملكاً للمؤتمر الوطني، ولكنه ملك لكل السودانيين الذين نعتبرهم سواسية، ونحن مسئولون أمام الله عن كل الشعب. وأضاف أن الصعود للقمة صعب، ولكن البقاء بها أصعب، مشيراً إلى أن المعركة القادمة بعد الانتخابات هي معركة الوحدة. ولم يمضِ على تصريح رئيس الجمهورية سوى أيام معدودة وقبل أن يذهب صدى كلماته عن الوحدة والسعي لتحقيقها حتى جاء التئام مجلس شورى الوطني بالخرطوم مؤخراً والذي اعتبر أعضاؤه أن المرحلة القادمة تحمل في طياتها تحديات الوحدة، وإن عملاً دءوبا ينتظر الجميع لتحقيق ذات الهدف. واعتبر رئيس مجلس الشورى القومي الشيخ أبو علي مجذوب أبوعلي لدى مخاطبته جلسة المجلس الافتتاحية بالمركز العام للمؤتمر الوطني أن فوز رئيس الجمهورية يرمز إلى وحدة السودان أرضاً وشعباً. غير أن رئيس الجمهورية المشير البشير، في ختام فعاليات المجلس أكد أن الوحدة الوطنية تحقق مصلحة جميع أهل السودان في شماله وجنوبه على حد سواء داعيا إلى المشاركة الجماعية في التصويت لمصلحة الوحدة مما يستعدي اطلاق نفير سياسي وطني لجميع أهل السودان. ويرى مراقبون أن المستهدفين من الاستفتاء الموصل إلى الوحدة ونقيضها من الجنوبيين اصطدموا جمعيا بحقيقة التحدي الكبير المتمثل في تحول حكومة الجنوب الحاكمة قبيل إجراء الاستفتاء نحو الحكم الرشيد والإدارة المؤسسة الأمر الذي جعلها تواجه بصعوبات متعددة منذ بداية تنفيذ الاتفاقية خاصة بعد تحول الحركة الشعبية من حركة مسلحة معارضة إلى حزب سياسي شريك في الحكومة الاتحادية وحاكم لجنوب البلاد والنقلة التي لم تستطع حكومة الحركة الجديدة التأقلم معها والتي تبرز جليا في تحديات التنمية في الجنوب منها عدم وجود الكوادر المؤهلة والكافية لإدارة شأن الحكم في الجنوب، وتحريك التنمية في الإقليم مع الأخذ في الاعتبار عدم وجود تجارة مقننة مع دول خارجية باستثناء تجارة الحدود مع دول الجوار ك(كينيا ويوغندا) لوجود المعوقات الاستثمارية كمعوقات عدم الاستقرار الأمني وضعف البنية التحتية الغير مشجعة للاستثمار، علاوة على انعدام الأمن للنزاعات القبلية التي تنتظم الجنوب في مناطق متعددة منه. ونتيجة لضعف التجربة بعكس الشمال في عنصر امتصاص الصدمات عند الجنوب يكاد يكون ضعيفا هو الآخر نظر لقلة التجربة والدليل ما تلقته حكومة الجنوب العام الماضي من صفعة تنموية قوية إبان ظهور الأزمة المالية العالمية وإفرازاتها على دول العالم لتفاجئها باعتمادها على الموارد البترولية التي تشكل 59% من الموازنة العامة بانخفاض حساب التركيز للبترول من 775 مليون دولار في نوفمبر 2008 الى 73 مليون دولار في العام الحالي 2009 م في وقت أنخفض فيه الإنفاق العام للصرف على البنية التحتية والتنمية الى 81% من الموازنة العامة بسبب ذهاب أكثر من 70% من إجمالي الإنفاق في الجنوب إلى الأجور والرواتب في حكومة الجنوب مع ارتفاع كبير في الصرف من مخصصات الأجور على الجيش الشعبي. وبينما يتحدث الجميع عن ضعف الأداء في التنمية يرى د. سليمان الحسن المحلل الإستراتيجي أن الموازنة في الجنوب ترتفع في اتجاه الجيش وتسليحه وتحديثه وإن القوات النظامية في الجنوب من شرطة وجيش وخلافه رغم الانفاق الكبير عليها إلا أن الأمن في الجنوب يشهد انفلاتاً غير مسبوق خصوصاً في الأشهر الأخيرة من العام الماضي ليضاف عنصر الأمن من بين التحديات التي تواجه الجنوب في حالة تفكيره للانفصال وتكوين دولة مستقلة من الشمال. ويرى متابعون للشأن السياسي أن جدية الحكومة المنتخبة وتخصيص مؤتمر الشورى الوطني لمناقشة تحقيق الوحدة وتجربة الحركة في الخمس سنوات السابقة وما واجهها من تحديات اقتصادية وأمنية وإدارية في حكومة الجنوب إضافة إلى تدافع أهل الجنوب في مدنه المختلفة إبان زيارة المشير البشير، في حملته الانتخابية، واظهر شئ من التأييد ربما سيدير وجه المعادلة لصالح الوحدة بعيد الاستفتاء في القريب العاجل نقلا عن صحيفة الرائد السودانية 9/6/2010م