حققت جامعة الخرطوم تميزاً أكاديمياً واضحاً في آخر تقرير لمؤسسة ويبومتركس (webometrics) لشهر يناير 2102 محتلة المرتبة «11» من بين «006» جامعة عربية، وفي تصنيف آخر للجامعات الافريقية احتلت جامعة الخرطوم المرتبة «31» من بين «893» جامعة افريقية شملها التصنيف الدولي للجامعات.. وكانت جامعة الخرطوم هي الجامعة الوحيدة في السودان من أبرز الجامعات المتميزة التي أوردها تصنيف مؤسسة سايماجو التي تعتمد في تقييمها على مؤشرات البحث العلمي والأوراق العلمية المنشورة، والتعاون الدولي في مجال البحث العلمي، والتخصص الدقيق للبحث العلمي. يذكر أن جامعة الخرطوم ظلت في المرتبة الأولى على مستوى الجامعات السودانية، وحافظت على موقعها بين أفضل مائة جامعة في المنطقتين العربية والافريقية على مدى السنوات الخمس الماضية، وتعتبر النتيجة الأخيرة في يناير 2102 انجازاً علمياً متميزاً يشير الى التقدم الواضح في الترتيب العربي والافريقي للجامعة، حيث كان ترتيب الجامعة في يوليو 1102 في المرتبة «22» عربياً، وفي المرتبة «81» افريقياً، وأهم ما يميز التصنيف الأخير هو اعتماده على مؤشرات جديدة لتصنيف البحث العلمي الذي يستخدم خمس مؤشرات لتقييم أداء الجامعات.. وقد نالت جامعة الخرطوم هذه المراتب العلمية المتقدمة في المحيطين العربي والأفريقي