أكدت الحكومة استعدادها لكافة السيناريوهات المحتملة وأعلنت جاهزيتها للحرب وتداعيات الانفصال ولم تستبعد تكرار تدخل الجيش الشعبي في الاستفتاء مثلما تدخل في تزوير الانتخابات بالجنوب، وفي ذات الوقت شدّدت على أن يبقى الجيش الشعبي في ثكناته لضمان نزاهة العملية. وقال د. مصطفى عثمان اسماعيل- مستشار رئيس الجمهورية- في حوار مع قناة العربية (إن الانفصال وارد وكذلك سيناريو الحرب لذا نحن نهيئ شعبنا لذلك ونستعد له بالرغم من أننا نعمل للسلام وتجنب الحرب). مستدركاً (لكن إذا فرضت علينا وأصبح أن لا مناص من خوضها فلابد من أن نكون مستعدين). ووجهة اسماعيل انتقادات للجيش الشعبي متهماً إياه بتزوير الانتخابات وقال إن المراقب الدولي يعلم ذلك وأن نتيجة ذلك كانت انفلاتات أمنية في الجنوب وانقسامات وظهور قيادات متمردة، مشدداً على ضرورة ابعاد الجيش الشعبي أثناء عملية الاستفتاء، وأضاف لابد أن يكون - الجيش الشعبي- في حالة سكون تام، وأردف (إن الأممالمتحدة والمراقبين الدولين يمكنهم القيام بمراقبة الاستفتاء).